Ο φορέας λειτουργίας υδατοδρομίου καθορίζει τα τιμολόγια των υπηρεσιών που παρέχονται από αυτόν για τις υπηρεσίες εξυπηρέτησης αεροσκαφών και επιβατών.
Ο σχετικός τιμοκατάλογος υπηρεσιών κοινοποιείται στο Τ.Ε.Μ., στην εποπτική αρχή τελών αερολιμένων της Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας, στη Ρυθμιστική Αρχή Λιμένων (Ρ.Α.Λ.), στη Γενική Γραμματεία Λιμένων Λιμενικής Πολιτικής και Ναυτιλιακών Επενδύσεων και στην αρμόδια Διεύθυνση του Υπουργείου Οικονομικών.