1. Ο ετήσιος προϋπολογισμός και απολογισμός της Α.Π.Α. εγκρίνεται από το Εκτελεστικό Συμβούλιο. Ομοίως, το Εκτελεστικό Συμβούλιο εγκρίνει τη σχετική ετήσια έκθεση πεπραγμένων, την οποία υποβάλλει στον Υπουργό Υποδομών και Μεταφορών, ο οποίος τη διαβιβάζει στον Πρόεδρο της Βουλής.
2. Ο Διοικητής της Α.Π.Α.:
α. Ορίζεται διατάκτης των δαπανών σε βάρος των πιστώσεων του προϋπολογισμού της Α.Π.Α., χωρίς οποιαδήποτε άλλη έγκριση, σύμφωνη γνώμη ή διαδικαστική ενέργεια από τον εποπτεύοντα Υπουργό ή άλλον δημόσιο φορέα ή υπηρεσία, ενώ δύναται να μεταβιβάζει μέρος της αρμοδιότητας αυτής, για ορισμένου ύψους ή είδους δαπάνες, στους προϊσταμένους των Γενικών Διευθύνσεων της Α.Π.Α. με απόφαση που εκδίδει ο ίδιος και προσδιορίζει τους όρους και τις προϋποθέσεις της μεταβίβασης αρμοδιότητας ή της εξουσιοδότησης υπογραφής.
β. Διαχειρίζεται και παρακολουθεί τους ειδικούς λογαριασμούς που αφορούν στην Α.Π.Α. και έχει δια της υπογραφής του την τελική έγκριση για την εκταμίευση ποσών από τους ειδικούς λογαριασμούς ή οποιονδήποτε τραπεζικό λογαριασμό που αφορά στην Α.Π.Α., ενώ δύναται με απόφασή του να μεταβιβάζει μέρος της αρμοδιότητας αυτής σε άλλα όργανα της Α.Π.Α., μέχρι ενός ποσού, με απόφαση που εκδίδει ο ίδιος και προσδιορίζει τους όρους και τις προϋποθέσεις της μεταβίβασης αρμοδιότητας ή της εξουσιοδότησης υπογραφής.
γ. Μεταφέρει οικονομικούς και λειτουργικούς πόρους, καθώς και υλικοτεχνικό εξοπλισμό μεταξύ των οργανικών μονάδων της Α.Π.Α..
3. Η εκκαθάριση των δαπανών της Α.Π.Α. ενεργείται από το Τμήμα Οικονομικής Λειτουργίας και Προμηθειών, η δε πληρωμή τους είτε από το εν λόγω Τμήμα, είτε από πιστωτικό οργανισμό.
4. Τις πάσης φύσεως δωρεές κινητών πραγμάτων υπέρ της Α.Π.Α. μέχρι του ποσού των σαράντα χιλιάδων (40.000,00) ευρώ, αποδέχεται ή αποποιείται ο Διοικητής. Περίληψη της πράξης αποδοχής ή αποποίησης, που περιλαμβάνει κατά το δυνατόν λεπτομερή και ακριβή περιγραφή των κινητών περιουσιακών στοιχείων, δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως. Η μεταβίβαση των κινητών περιουσιακών στοιχείων επέρχεται αυτοδικαίως με την έκδοση και δημοσίευση της πράξης αποδοχής του Διοικητή. Κατά τα λοιπά ισχύουν οι διατάξεις του ν. 4182/2013 (A’ 185) περί κοινωφελών περιουσιών και σχολαζουσών κληρονομιών.
5. Ο ετήσιος απολογισμός της Α.Π.Α. και η ετήσια έκθεση περιλαμβάνουν ειδική μνεία στα θέματα που αφορούν στη διαχείριση των ποσών από τα τέλη διαδρομής και τερματικής περιοχής που αποδίδονται από τον Ευρωπαϊκό Οργανισμό για την Ασφάλεια της αεροναυτιλίας (EUROCONTROL) και ιδίως στον τρόπο αξιοποίησής τους και την επιστροφή της διαφοράς μεταξύ του καθορισμένου κόστους που περιέχει το σχέδιο επιδόσεων και του πραγματικού κόστους στους παρόχους υπηρεσιών αεροναυτιλίας και τους χρήστες του εναέριου χώρου, σύμφωνα ιδίως με τον Εκτελεστικό Κανονισμό (ΕΕ) 2019/317.
6. Ο εγκεκριμένος προϋπολογισμός, απολογισμός και η ετήσια έκθεση αναρτώνται στον διαδικτυακό τόπο της Α.Π.Α.
7. Η Α.Π.Α. δύναται να πραγματοποιεί δαπάνες που εντάσσονται στο Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων, σύμφωνα με το Υποκεφάλαιο 3 του Κεφαλαίου Β΄ του Μέρους Δ΄ του ν. 4270/2014 (Α’ 143). Επίσης, δύναται να συμμετέχει σε συγχρηματοδοτούμενα ή χρηματοδοτούμενα προγράμματα από την Ε.Ε. ή άλλους διεθνείς οργανισμούς.
8. Ακίνητα του Δημοσίου μπορεί να παραχωρούνται κατά χρήση στην Α.Π.Α. από την Εταιρεία Ακινήτων Δημοσίου ή άλλους φορείς του Δημοσίου ή των Οργανισμών Τοπικής Αυτοδιοίκησης, για την αντιμετώπιση των στεγαστικών αναγκών των υπηρεσιών της.
9. Για τον Διοικητή, τα μέλη του Εκτελεστικού Συμβουλίου και το προσωπικό της Α.Π.Α αναγνωρίζονται έξοδα κίνησης με κάθε μεταφορικό μέσο, ημερήσια αποζημίωση και έξοδα διανυκτέρευσης της περ. β΄ της κατηγορίας I της παρ. 1 του άρθρου 5 του Κεφαλαίου Α΄ της υποπαρ. Δ9 της παρ. Δ΄ του Μέρους Β΄ του άρθρου 2 του ν. 4336/2015 (Α΄ 94).