1. Το Γραφείο Εσωτερικού Ελέγχου υπάγεται απευθείας στο Εκτελεστικό Συμβούλιο και έχει ως βασικές αρμοδιότητες τη διενέργεια κάθε είδους εσωτερικού ελέγχου όλων των υπηρεσιών της Α.Π.Α., τη διερεύνηση καταγγελιών πολιτών σε βάρος υπαλλήλων της Α.Π.Α., καθώς και την εφαρμογή των Διεθνών Προτύπων για την Επαγγελματική Εφαρμογή του Εσωτερικού Ελέγχου («Πρότυπα»), μαζί με τον Κώδικα Ηθικής και τη συμμόρφωση με αυτά. Οι ανωτέρω αρμοδιότητες μπορούν, με απόφαση του Εκτελεστικού Συμβουλίου, να ανατίθενται σε εξωτερικό ελεγκτή, όποτε αυτό κρίνεται απαραίτητο με βάση τις ανάγκες της Α.Π.Α..
2. Το Εκτελεστικό Συμβούλιο υποβάλλει ερωτήματα στον Διοικητή και τον επικεφαλής εσωτερικού ελέγχου, για να διαπιστωθεί εάν υπάρχουν περιορισμοί στο πλαίσιο εργασιών του ελέγχου ή στη δυνατότητα διάθεσης πόρων, διατυπώνει αιτιολογημένη γνώμη επί των θεμάτων εσωτερικού ελέγχου και έχει την ευθύνη για την έγκριση:
α. του κανονισμού εσωτερικού ελέγχου,
β. του ετήσιου προγράμματος ελέγχων με βάση την εκτίμηση κινδύνων,
γ. του οικονομικού προϋπολογισμού και του προγραμματισμού διάθεσης πόρων της λειτουργίας του εσωτερικού ελέγχου και
δ. των αποφάσεων σχετικά με τον διορισμό και την απομάκρυνση του επικεφαλής εσωτερικού ελέγχου.
3. Το Γραφείο Εσωτερικού Ελέγχου υποβάλλει ανά έξι (6) μήνες στην Επιτροπή Ελέγχου του Εκτελεστικού Συμβουλίου αναλυτική έκθεση για την απόδοση της λειτουργίας του εσωτερικού ελέγχου, την υλοποίηση του προγράμματος και λοιπά σχετικά ζητήματα.