- Διαγωνισμοί, έργα ή μελέτες, που έχουν προκηρυχθεί ή συμβασιοποιηθεί από την ΕΡΓΟΣΕ Α.Ε. έως τη συντέλεση της συγχώνευσης σύμφωνα με την παρ. 4 του άρθρου 3, εκτελούνται και ολοκληρώνονται από την εταιρεία Σιδηρόδρομοι Ελλάδος Μ.Α.Ε. άνευ περαιτέρω διατυπώσεων.
- Από τη συντέλεση της συγχώνευσης σύμφωνα με την παρ. 4 του άρθρου 3 και μέχρι την έκδοση κοινής υπουργικής απόφασης της παρ. 3Β του άρθρου 180 και του άρθρου 199 του ν. 4412/2016 (Α’ 147) για τον ορισμό αποφαινόμενων και γνωμοδοτούντων οργάνων της εταιρείας Σιδηρόδρομοι Ελλάδος Μ.Α.Ε., ως καθολικής διαδόχου της εταιρείας ΕΡΓΟΣΕ Α.Ε., υπό τις ιδιότητές της ως αναθέτουσας αρχής και αναθέτοντος φορέα κατά την έννοια της περ. 1 της παρ. 1 του άρθρου 2 του ν. 4412/2016, περί ορισμών, τα καθήκοντα και οι αρμοδιότητες της Διευθύνουσας Υπηρεσίας και της Επιβλέπουσας Υπηρεσίας ασκούνται από τους Προϊσταμένους των Διευθύνσεων Έργων και Μελετών της εταιρείας Σιδηρόδρομοι Ελλάδος Μ.Α.Ε., οι οποίοι δύνανται να αναθέτουν σε στελέχη τους αρμοδιότητες Διευθύνουσας Υπηρεσίας, σύμφωνα με το προσωρινό οργανόγραμμα που εγκρίνεται κατά τα οριζόμενα στην παρ. 2 του άρθρου 5 του παρόντος.
- Ως προς τους μη μισθολογικούς όρους, η εταιρεία Σιδηρόδρομοι Ελλάδος Μ.Α.Ε. εξακολουθεί να τηρεί τη συλλογική σύμβαση εργασίας της απορροφώμενης εταιρείας έως τη λήξη αυτής.
- Οι εκκρεμείς δίκες ή άλλες διαδικασίες επίλυσης διαφορών που αφορούν στη δραστηριότητα διαχείρισης του σιδηροδρομικού τροχαίου υλικού και έχουν γεννηθεί ή αναφέρονται σε χρόνο προγενέστερο από την έναρξη ισχύος της κοινής υπουργικής απόφασης της παρ. 1 του άρθρου 10, συνεχίζονται από την εταιρεία ΓΑΙΑΟΣΕ Α.Ε. ως μη δικαιούχο διάδικο, χωρίς να διακόπτονται βιαίως και να απαιτείται, για την έναρξη, τη συνέχιση ή την επανάληψή τους, οποιαδήποτε διατύπωση ή δήλωση εκ μέρους της τελευταίας.
- Μέχρι την περάτωση των διαδικασιών επίλυσης διαφορών της παρ. 4 του παρόντος, το αφορολόγητο αποθεματικό της καθαρής θέσης της εταιρείας ΓΑΙΑΟΣΕ Α.Ε. που έχει σχηματιστεί με βάση τον ν. 3891/2010 (Α’ 188), και κονδύλια αποτελεσμάτων που δεν έχουν αποθεματοποιηθεί κατά την έναρξη ισχύος της κοινής υπουργικής απόφασης της παρ. 1 του άρθρου 10 και αφορούν στα έσοδα από τη μίσθωση του σιδηροδρομικού τροχαίου υλικού μετά από την ολοκλήρωση της αποκρατικοποίησης της εταιρείας «HELLENIC TRAIN ΑΝΩΝΥΜΗ ΣΙΔΗΡΟΔΡΟΜΙΚΗ ΕΤΑΙΡΕΙΑ» (εφεξής ΤΡΑΙΝΟΣΕ Α.Ε.), παραμένουν ως κονδύλια χρηματοοικονομικών καταστάσεων της εταιρείας «ΓΑΙΑΟΣΕ Α.Ε.» μετά των αντίστοιχων στοιχείων ενεργητικού. Δαπάνες που αφορούν στη διαχείριση του σιδηροδρομικού τροχαίου υλικού και αναφέρονται σε χρόνο προγενέστερο από την έναρξη ισχύος της κοινής υπουργικής απόφασης της παρ. 1 του άρθρου 10 καλύπτονται από τα ανωτέρω κονδύλια.
Μετά από την περάτωση των εν λόγω διαδικασιών, με την έκδοση ανέκκλητων εκτελεστών δικαστικών ή διαιτητικών αποφάσεων και την αφαίρεση των σχετικών εξόδων και υποχρεώσεων από τη διαχείριση του σιδηροδρομικού τροχαίου υλικού, καθώς και την παρακράτηση από την εταιρεία ΓΑΙΑΟΣΕ Α.Ε. αμοιβής διαχείρισης ίσης με δέκα τοις εκατό (10%) πλέον Φόρου Προστιθέμενης Αξίας επί του συνολικού ποσού δεδουλευμένων εσόδων από τη διαχείριση του σιδηροδρομικού τροχαίου υλικού για το χρονικό διάστημα μετά από την ολοκλήρωση της αποκρατικοποίησης της εταιρείας ΤΡΑΙΝΟΣΕ Α.Ε. και μέχρι την περιέλευση της διαχείρισης στην εταιρεία Σιδηρόδρομοι Ελλάδος Μ.Α.Ε., το υπόλοιπο ποσό περιέρχεται, μετά των αντίστοιχων στοιχείων ενεργητικού της εταιρείας ΓΑΙΑΟΣΕ Α.Ε. στην εταιρεία Σιδηρόδρομοι Ελλάδος Μ.Α.Ε., ως ειδικό αφορολόγητο αποθεματικό από τη μεταφορά δραστηριότητας της παρ. 1 του άρθρου 9.