Μέχρι τις 30 Νοεμβρίου εκάστου έτους, οι Γενικές Γραμματείες και οι εποπτευόμενοι φορείς του Υπουργείου Ναυτιλίας και Αιγαίου υποβάλλουν στον Υπουργό ετήσιο προγραμματισμό δράσης για το επόμενο έτος με ποσοτικούς και ποιοτικούς στόχους. Μέχρι τις 31 Ιανουαρίου εκάστου έτους, οι Γενικές Γραμματείες και οι εποπτευόμενοι φορείς του Υπουργείου Ναυτιλίας και Αιγαίου υποβάλλουν στον Υπουργό απολογισμό δράσης για το προηγούμενο έτος. Ο προγραμματισμός και ο απολογισμός δράσης του Λιμενικού Σώματος καταρτίζεται από τον αρμόδιο Γενικό Γραμματέα του Υπουργείου Ναυτιλίας και Αιγαίου, κατόπιν σχετικής εισήγησης του Αρχηγού του Λιμενικού Σώματος.