Το Υπουργείο Ναυτιλίας και Αιγαίου εποπτεύει μέσω των αρμοδίων Υπηρεσιών, για όλα τα θέματα διοίκησης, λειτουργίας και ανάπτυξης τους ακόλουθους φορείς του Δημοσίου:
α) Τους Οργανισμούς Λιμένων Α.Ε.
β) Τα Λιμενικά Ταμεία, αρμοδιότητας του Υπουργείου Ναυτιλίας και Αιγαίου
γ) Τον Οίκο Ναύτου
δ) Το Ναυτικό Επιμελητήριο Ελλάδος
ε) Το Γραφείο Ευρέσεως Ναυτικής Εργασίας
στ) Το Ινστιτούτο Ιστορίας Εμπορικής Ναυτιλίας
ζ) Το Ερευνητικό Ινστιτούτο Νησιωτικής Πολιτικής, το οποίο προβλέπεται στο άρθρο 29 του παρόντος.