1. Το Υπουργείο Ναυτιλίας και Αιγαίου, το οποίο ιδρύθηκε με το Π.Δ. 85/2012 (ΦΕΚ 141 Α’), όπως έχει τροποποιηθεί και ισχύει, έχει τις γενικές αρμοδιότητες και τη διάρθρωση των παρ.2 και 3 του παρόντος.
2. Αρμοδιότητες:
(α) Η χάραξη της ναυτιλιακής πολιτικής με σκοπό την προαγωγή και την προάσπιση όλων των κλάδων της εμπορικής ναυτιλίας και τη σύνδεσή της με την εθνική οικονομία, την ανάπτυξη της ναυτικής εκπαίδευσης και τη ναυτική εργασία, καθώς και η προστασία του φυσικού και θαλασσίου περιβάλλοντος, η σχεδίαση και εφαρμογή της ολοκληρωμένης νησιωτικής πολιτικής και η ανάπτυξη του θαλάσσιου τουρισμού, η ασφάλεια της ναυσιπλοΐας και της ανθρώπινης ζωής και περιουσίας στη θάλασσα.
(β) Η χάραξη της λιμενικής πολιτικής, η εποπτεία των λιμενικών υποδομών κάθε λειτουργικής μορφής και η προαγωγή του εθνικού λιμενικού συστήματος ως παράγοντα ανάπτυξης της οικονομίας, των νησιών και της ναυτιλίας της χώρας.
(γ) Η εποπτεία της οργάνωσης, διοίκησης και λειτουργίας του Λιμενικού Σώματος.
3. Διάρθρωση:
(α) Στο Υπουργείο Ναυτιλίας και Αιγαίου, ανήκουν οι κεντρικές και περιφερειακές Υπηρεσίες του Υπουργείου, η Γενική Γραμματεία Ναυτιλιακών Επενδύσεων και Υποδομών, η οποία ιδρύεται δια του παρόντος και προέρχεται από την τροποποίηση και μετονομασία της Γενικής Γραμματείας Λιμένων και Λιμενικής Πολιτικής, η Γενική Γραμματεία Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής και το Λιμενικό Σώμα.
(β) Οι επιμέρους αρμοδιότητες και οργάνωση των ανωτέρω τμημάτων και μονάδων του Υπουργείου, θα καθορισθούν με προεδρικό διάταγμα, το οποίο εκδίδεται με πρόταση των Υπουργών Διοικητικής Μεταρρύθμισης και Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης και Ναυτιλίας και Αιγαίου. Στο άνω Π.Δ θα περιλαμβάνονται αναλυτικά οι ασκούμενες αρμοδιότητες των Υπηρεσιών του Υπουργείου Ναυτιλίας και Αιγαίου, της Γενικής Γραμματείας Ναυτιλιακών Επενδύσεων και Υποδομών, της Γενικής Γραμματείας Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής και του Λιμενικού Σώματος. Με το ίδιο Π.Δ. δύνανται να ιδρύονται νέες διοικητικές μονάδες, να καταργούνται, να συγχωνεύονται και να μετονομάζονται οι ήδη υπάρχουσες και να ανακατανέμονται ή να μεταβάλλονται οι αρμοδιότητές τους, πλην των θεμάτων εσωτερικής οργάνωσης και λειτουργίας εκείνων που ρυθμίζονται διαφορετικά με το παρόν.
Με τον ίδιο Οργανισμό δύναται να προβλεφθεί η σύσταση Υπηρεσίας Ναυτικής Εκπαίδευσης, καθώς επίσης και Διεύθυνσης Tεχνικών Υπηρεσιών, με αρμοδιότητα της τελευταίας την εκπόνηση ή ανάθεση εκπόνησης μελετών και την κατασκευή των κτιριακών έργων που αφορούν στην ανέγερση, επέκταση, συντήρηση και βελτίωση των κτιριακών εγκαταστάσεων που ανήκουν στο Δημόσιο και στεγάζουν υπηρεσίες του Υπουργείου Ναυτιλίας και Αιγαίου, συμπεριλαμβανομένων και αυτών των Δημοσίων Σχολών Εμπορικού Ναυτικού σε όλη την Επικράτεια, σύμφωνα με τις διατάξεις της νομοθεσίας περί δημοσίων έργων. Στις σχετικές διατάξεις πρέπει οπωσδήποτε να ρυθμίζονται τα ειδικότερα ζητήματα που αφορούν στην οργανωτική διάρθρωση και τις αρμοδιότητες της Διεύθυνσης αυτής, τα αρμόδια όργανα για τη λήψη αποφάσεων, καθώς και κάθε άλλη αναγκαία λεπτομέρεια για τη λειτουργία αυτής.
(γ) Μόνιμοι Αξιωματικοί και Υπαξιωματικοί του Λιμενικού Σώματος και πολιτικοί υπάλληλοι δύνανται να καλύπτουν οργανικές θέσεις του Υπουργείου Ναυτιλίας και Αιγαίου, καθώς και των Γενικών Γραμματειών που ανήκουν σ’ αυτό, με απόφαση του Υπουργού Ναυτιλίας και Αιγαίου κατόπιν εισήγησης του προϊσταμένου της αρμόδιας Διεύθυνσης του Υπουργείου.