1. Ο ΟΝΝΑ διοικείται από επταμελές Διοικητικό Συμβούλιο, το οποίο συγκροτείται με απόφαση του Υπουργού Ναυτιλίας και Αιγαίου και αποτελείται από: α) τον Πρόεδρο, β) τον Αντιπρόεδρο, γ) δύο εκπροσώπους των εφοπλιστών που υποδεικνύονται από το Ναυτικό Επιμελητήριο της Ελλάδος (ΝΕΕ), δ) δύο εκπροσώπους των ναυτικών που υποδεικνύονται από την Πανελλήνια Ναυτική Ομοσπονδία (ΠΝΟ) και ε) έναν ανώτερο ή ανώτατο αξιωματικό του Λιμενικού Σώματος. Τα μέλη του Δ.Σ. εκτός από τον Πρόεδρο και τον Αντιπρόεδρο ορίζονται με ισάριθμους αναπληρωτές,
Τα μέλη του Δ.Σ. που προτείνονται από τους εφοπλιστές και τους ναυτικούς υποδεικνύονται εντός δεκαπέντε ημερών (15) από την ημερομηνία που θα ζητηθούν. Ο Υπουργός Ναυτιλίας και Αιγαίου, μετά από την πάροδο της ανωτέρω προθεσμίας μπορεί να ορίσει ελεύθερα τα αντίστοιχα μέλη του Δ.Σ.
2. Ο Πρόεδρος και ο Αντιπρόεδρος του ΟΝΝΑ, καθώς και ο αξιωματικός του Λιμενικού Σώματος με τον αναπληρωτή του ορίζονται με απόφαση του Υπουργού Ναυτιλίας και Αιγαίου. Ως Πρόεδρος του ΟΝΝΑ ορίζεται πρόσωπο με ειδικότερες γνώσεις και εμπειρία σε εργασιακά ζητήματα καθώς και σε ζητήματα διοίκησης. Με απόφαση του Υπουργού Ναυτιλίας και Αιγαίου καθορίζεται η σχέση του Προέδρου ή του Αντιπροέδρου ως πλήρους ή μερικής απασχόλησης.
3. Η θητεία του Δ.Σ. είναι τριετής. Σε περίπτωση λήξης της θητείας του, αυτή παρατείνεται μέχρι το διορισμό νέου.
4. Στον Πρόεδρο, στον Αντιπρόεδρο και στα μέλη του Δ.Σ. καταβάλλεται αποζημίωση, σύμφωνα με τις ισχύουσες διατάξεις.
5. Με προεδρικό διάταγμα που εκδίδεται μετά από πρόταση των Υπουργών Οικονομικών και Ναυτιλίας και Αιγαίου, καταρτίζεται ο Οργανισμός του ΟΝΝΑ, με τον οποίο ρυθμίζονται θέματα σχετικά με την οργάνωση και στελέχωση των υπηρεσιών του, τις αρμοδιότητες του Δ.Σ. και των λοιπών οργάνων διοίκησής του, τη λειτουργία του Δ.Σ. και κάθε άλλη αναγκαία λεπτομέρεια.