1. Η Ρ.Α.Λ. έχει υποχρέωση να συντάσσει προϋπολογισμό για το επόμενο οικονομικό έτος (1.1 – 31.12), τον οποίο κοινοποιεί στον Υπουργό Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής και στον Υπουργό Οικονομικών.
2. Τα έσοδα της Ρ.Α.Λ. εισπράττονται στο όνομα και για λογαριασμό της και κατατίθενται σε ειδικό τραπεζικό λογαριασμό, τη διαχείριση του οποίου έχει η Ρ.Α.Λ, σύμφωνα με τον Κανονισμό Εσωτερικής Λειτουργίας και Διαχείρισης της (Προεδρικό Διάταγμα 19/2016 «Κανονισμός Λειτουργίας και Οργάνωση Υπηρεσιών της Ρυθμιστικής Αρχής Λιμένων», ΦΕΚ Α’ 28/2016). Με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής, κατόπιν εισήγησης της Ρ.Α.Λ., καθορίζονται τα όργανα, ο τρόπος και η διαδικασία είσπραξης των πιο πάνω χρηματικών ποσών. Οι δαπάνες που περιλαμβάνονται στον προϋπολογισμό της Ρ.Α.Λ. διαμορφώνονται ετησίως με απόφαση αυτής για να καλύψουν το πρόγραμμα δραστηριοτήτων του επόμενου έτους. Η Ρ.Α.Λ. έχει υποχρέωση να τηρεί λογαριασμούς και αρχεία, στα οποία συμπεριλαμβάνονται τα αποτελέσματα χρήσης και ο ισολογισμός, σύμφωνα με τις διατάξεις του δημοσίου λογιστικού και όπως ειδικότερα ορίζεται στον Κανονισμό Εσωτερικής Λειτουργίας και Διαχείρισης. Ο έλεγχος των οικονομικών στοιχείων και των ετήσιων λογαριασμών και οικονομικών καταστάσεων γίνεται από δύο ορκωτούς λογιστές. Τα στοιχεία αυτά και οι οικονομικές καταστάσεις δημοσιεύονται στο διαδικτυακό τόπο της Ρ.Α.Λ. και στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως και υποβάλλονται στον Πρόεδρο της Βουλής μαζί με την ετήσια έκθεση του επόμενου έτους.
3. Ο προϋπολογισμός της Ρ.Α.Λ. εγκρίνεται από τους Υπουργούς Οικονομικών και Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής και προσαρτάται στον προϋπολογισμό του Υπουργείου Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής. Τον προϋπολογισμό εισηγείται στον Υπουργό Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής ο Πρόεδρος της Ρ.Α.Λ., ο οποίος είναι και ο διατάκτης των δαπανών αυτής.
4. Η Ρ.Α.Λ. μπορεί από μόνη της να προβαίνει στην ανάθεση έργων, προμηθειών, καθώς και στην αγορά ή μίσθωση ακινήτων για τις ανάγκες της, σύμφωνα με τον Κανονισμό Εσωτερικής Λειτουργίας και Διαχείρισης της. Το τίμημα της αγοράς ή της μίσθωσης ακινήτων καταβάλλεται από τους πόρους της Ρ.Α.Λ.
5. Η Ρ.Α.Λ. υπόκειται στον έλεγχο του Ελεγκτικού Συνεδρίου κατά τις γενικές διατάξεις.
6. Με αιτιολογημένη απόφαση της Ρ.Α.Λ. είναι δυνατή η κατά τη διάρκεια του οικονομικού έτους εγγραφή ή αύξηση πιστώσεων στον προϋπολογισμό της με μείωση άλλων πιστώσεων με τη διαδικασία της παραγράφου 3 του παρόντος άρθρου.