1. Στη Ρ.Α.Λ. συνιστάται Γενική Διεύθυνση, της οποίας προΐσταται Γενικός Διευθυντής. Η Γενική Διεύθυνση αποτελείται από μία Διεύθυνση Παρακολούθησης και Ελέγχου Αγοράς, η οποία περιλαμβάνει κατ΄ ελάχιστον Τμήματα Νομικής και Οικονομικής Τεκμηρίωσης, και μία Διεύθυνση Διοικητικής και Οικονομικής Υποστήριξης, η οποία με τα αντίστοιχα τμήματα εξασφαλίζει την αυτοτελή διοίκηση του προσωπικού και οικονομική διαχείριση των πόρων της Ρ.Α.Λ..
2. Για τη νομική υποστήριξη της Ρ.Α.Λ. συνιστάται Γραφείο Νομικής Υποστήριξης, υπαγόμενο απευθείας στον Πρόεδρο αυτής.
3. Για τη στελέχωση των οργανικών μονάδων της Ρ.Α.Λ. συνιστώνται τριάντα πέντε θέσεις μόνιμου και με σύμβαση εργασίας ιδιωτικού δικαίου αορίστου χρόνου προσωπικού. Ειδικότερα:
α. Ειδικό επιστημονικό Π ροσωπικό: είκοσι πέντε (25) θέσεις.
β. Διοικητικό Προσωπικό: δέκα (10) θέσεις.
γ. Επιπροσθέτως συνιστώνται τρεις (3) θέσεις δικηγόρων με έμμισθη εντολή, οι οποίοι στελεχώνουν το Γραφείο Νομικής Υποστήριξης, δύο (2) θέσεις ειδικών συνεργατών, ως μετακλητών υπαλλήλων, οι οποίοι επικουρούν τον Πρόεδρο της Ρ.Α.Λ. και έχουν τα προσόντα που ορίζονται στο π.δ. 63/2005, και δύο (2) θέσεις δημοσιογράφων.
Για την κάλυψη των θέσεων προσμετρώνται οι συμβάσεις της παραγράφου 6 του άρθρου 1 του παρόντος.
4.α. Για την οργάνωση και διάρθρωση των υπηρεσιών της Ρ.Α.Λ., της αρμοδιότητες των οργανικών της μονάδων, την επιλογή και τις αρμοδιότητες του Γενικού Διευθυντή και των προϊσταμένων των διευθύνσεων και τμημάτων, της ειδικότητες των θέσεων του προσωπικού και την κατανομή του στις οργανικές μονάδες της Ρ.Α.Λ., τον τρόπο πλήρωσης των θέσεων του προσωπικού και την αξιολόγησή του, καθώς και για τη συγκρότηση και λειτουργία υπηρεσιακού και πειθαρχικού συμβουλίου, εφαρμογή έχουν οι διατάξεις των άρθρων 6, 7 και 9 έως 15 των Κεφαλαίων III και IV του Προεδρικού Διατάγματος 19/2016 «Κανονισμός Λειτουργίας και Οργάνωση Υπηρεσιών της Ρυθμιστικής Αρχής Λιμένων» (ΦΕΚ Α’28/2016).
β. Με προεδρικό διάταγμα, το οποίο εκδίδεται μετά την πάροδο διετίας από την έναρξη ισχύος του παρόντος νόμου, ύστερα από πρόταση των Υπουργών Εσωτερικών και Διοικητικής Ανασυγκρότησης, Οικονομικών και Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής είναι δυνατή νεότερη ρύθμιση των θεμάτων της προηγούμενης παραγράφου. Με το ίδιο προεδρικό διάταγμα είναι δυνατή η αύξηση του αριθμού των θέσεων του προσωπικού της Ρ.Α.Λ., οι οποίες όμως σε καμμία περίπτωση δεν μπορεί να υπερβούν συνολικά τις πενήντα (50).
γ. Οι μετακινήσεις του προσωπικού της Ρ.Α.Λ. στο εσωτερικό και εξωτερικό για υπηρεσιακούς λόγους εγκρίνονται από τον Πρόεδρο της Ρ.Α.Λ. ή τον Γενικό Διευθυντή μετά από σχετική εξουσιοδότηση. Στην έγκριση καθορίζονται ο προορισμός της μετάβασης, ο σκοπός και η διάρκεια αυτής και ο προϋπολογισμός του κόστους της. Για τις δαπάνες μετακίνησης, την ημερήσια αποζημίωση και για κάθε συναφές με τις μετακινήσεις ζήτημα εφαρμογή έχουν οι διατάξεις της ισχύουσας νομοθεσίας.
δ. Προσωπικό, το οποίο κατείχε οργανική θέση υπαλλήλου δημόσιου τομέα και έχει τοποθετηθεί σε οργανικές θέσεις της Ρ.Α.Λ. με μετάταξη, επανέρχεται αυτοδικαίως στις θέσεις που κατείχε πριν την μετάταξη σε περίπτωση καταργήσεως της Ρ.Α.Λ..
ε. Το στοιχ. γ΄ της παρ. 1 του άρθρου 11 του Προεδρικού Διατάγματος 19/2016 «Κανονισμός Λειτουργίας και Οργάνωση Υπηρεσιών της Ρυθμιστικής Αρχής Λιμένων» (ΦΕΚ Α’28/2016) αντικαθίσταται ως εξής :
« (γ΄) η παροχή εμπεριστατωμένων εισηγήσεων προς τον Πρόεδρο και τα μέλη της Ρ.Α.Λ. μετά από ανάλυση δεδομένων και αξιολόγηση κινδύνων, καθώς και η διαμόρφωση εναλλακτικών επιλογών βάσει της ανάλυσης του εσωτερικού και εξωτερικού περιβάλλοντος λειτουργίας της Αρχής».