Η Ρ.Α.Λ έχει την αρμοδιότητα έκδοσης κανονιστικών πράξεων για τη ρύθμιση θεμάτων που αφορούν :
α) στην έκδοση δεσμευτικών οδηγιών για θέματα σχετικά με την απλούστευση, διαφάνεια και εναρμόνιση τελών κοινού ενδιαφέροντος για όλους τους ελληνικούς λιμένες, με απώτερο σκοπό τον υγιή ανταγωνισμό μεταξύ εγχώριων λιμένων,
β) στη διαδικασία προσδιορισμού, επιβολής και είσπραξης ποινικών ρητρών ή άλλων συμβατικών αξιώσεων που προβλέπονται στις Συμβάσεις Παραχώρησης και στις αντιρρήσεις των ενδιαφερομένων κατά των αποφάσεων επιβολής.
Ρητά ορίζεται ότι τα σχετικά εισπραττόμενα ποσά αποτελούν έσοδο του Υπουργείου Οικονομικών και δεν προσαυξάνουν τον προϋπολογισμό της Ρ.Α.Λ.
γ) στη λειτουργία και άσκηση των αρμοδιοτήτων της, συμπεριλαμβανομένης της έκδοσης Κανονισμού Ακροάσεων προσώπων και επιχειρήσεων.
δ) στην κρίση επί των ενδικοφανών προσφυγών του άρθρου 21 παρ. 5 του παρόντος.