1. Υφιστάμενα λιμενικά έργα σε λιμένες διεθνούς ενδιαφέροντος, εθνικής ή τοπικής σημασίας, και μείζονος ενδιαφέροντος, μη νομίμως εκτελεσθέντα έως την 29-04-2013, από φορείς του Δημοσίου, τα οποία έχουν αποτυπωθεί και ενταχθεί στο εγκεκριμένο από την Ε.Σ.Α.Λ. Αναπτυξιακό Πρόγραμμα και Μελέτη Διαχείρισης (Master Plan) ή το Πλαίσιο Έργων Ανάπτυξης Λιμένα (Π.Ε.Α.Λ.), θεωρούνται νόμιμα από την έκδοση σχετικής απόφασης από το Γενικό Γραμματέα Λιμένων, Λιμενικής Πολιτικής και Ναυτιλιακών Επενδύσεων κατόπιν αίτησης του φορέα διαχείρισης λιμένα, η οποία συνοδεύεται από: α) τεχνική περιγραφή του προς νομιμοποίηση έργου β) εξαρτημένο τοπογραφικό διάγραμμα με κλίμακα 1:500 γ) φωτογραφίες και χάρτη της ευρύτερης περιοχής με την ακριβή θέση του έργου και δ) τους εγκεκριμένους Περιβαλλοντικούς Όρους για τα προαναφερθέντα προγράμματα (Master Plan, Π.Ε.Α.Λ.).
2. Στις περιπτώσεις που από την κείμενη νομοθεσία δεν υφίσταται υποχρέωση εκπόνησης Αναπτυξιακού Προγράμματος και Μελέτης Διαχείρισης (Master Plan) ή του Πλαισίου Έργων Ανάπτυξης Λιμένα (Π.Ε.Α.Λ.), τα έργα της προηγούμενης παραγράφου θεωρούνται νόμιμα από την έκδοση σχετικής απόφασης από το Γενικό Γραμματέα Λιμένων, Λιμενικής Πολιτικής και Ναυτιλιακών Επενδύσεων κατόπιν αίτησης του ενδιαφερόμενου φορέα, η οποία συνοδεύεται από τα δικαιολογητικά (α), (β), (γ) της προηγούμενης παραγράφου καθώς και τους εγκεκριμένους Περιβαλλοντικούς Όρους των έργων. Η διαδικασία νομιμοποίησης δεν κωλύεται από την μη ύπαρξη οριοθετημένων ζωνών αιγιαλού, παραλίας, χερσαίας ή εξομοιούμενης με λιμένα μέχρι την 01/01/2020, οπότε πρέπει να έχουν ολοκληρωθεί οι διαδικασίες καθορισμού τους.
3. Η αποζημίωση αυθαίρετης χρήσης των έργων των παραγράφων 1 και 2, καθορίζεται με απόφαση των Υπουργών Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής και Οικονομικών, ανάλογα με τη κατάταξη του λιμένα σύμφωνα με την εκάστοτε ισχύουσα Κοινή Υπουργική Απόφαση κατ’ εξουσιοδότηση του άρθρου 21 του ν. 3450/2006 όπως ισχύει.
4. Εκκρεμείς διαδικασίες νομιμοποίησης σύμφωνα με τις διατάξεις της παρ. 9 του άρθρου 27 του ν. 2971/2001 δύνανται να ανασταλούν κατόπιν αιτήσεως των ενδιαφερόμενων προς την αρμόδια Κτηματική Υπηρεσία και να υπαχθούν στις διατάξεις των παραγράφων 1-3 του παρόντος άρθρου. Στην περίπτωση αυτή οι σχετικές πράξεις επιβολής ή ταμειακής βεβαίωσης θεωρούνται αυτοδικαίως ανακληθείσες από την έναρξη ισχύος του παρόντος νόμου.
5. Είναι δυνατή κατά παρέκκλιση κάθε άλλης διάταξης σε υφιστάμενα έργα της παρ.1 και 2, η εκτέλεση των αναγκαίων τεχνικών εργασιών συντήρησης και επισκευής προς αποτροπή άμεσου κινδύνου υπό την επίβλεψη αρμόδιας τεχνικής Υπηρεσίας κατόπιν εισήγησης της οικείας Λιμενικής Αρχής και έγκρισης του Γενικού Γραμματέα Λιμένων, Λιμενικής Πολιτικής και Ναυτιλιακών Επενδύσεων. Για την εκτέλεση των παραπάνω εργασιών δεν απαιτείται η ύπαρξη εγκεκριμένων περιβαλλοντικών όρων.
6. Η νομιμοποίηση κτιριακών εγκαταστάσεων εντός της χερσαίας ζώνης λιμένα ανεξάρτητα από την κατάταξη του λιμένα βάσει της ισχύουσας νομοθεσίας, διενεργείται σύμφωνα με τις διατάξεις του ν.4178/2013 (Α΄174) όπως εκάστοτε ισχύει.
7. Οι φορείς διαχείρισης Λιμένων που έχουν την υποχρέωση σύνταξης αναπτυξιακού προγράμματος και μελέτης διαχείρισης (master-plan), οφείλουν να έχουν ολοκληρώσει την σύνταξή της εντός δύο (02) ετών από της ενάρξεως ισχύος του παρόντος νόμου.