Στον Οργανισμό συστήνεται Ειδικός Λογαριασμός για τη διαχείριση των κονδυλίων που διατίθενται για την εκτέλεση ερευνητικών και αναπτυξιακών έργων, προγραμμάτων εκπαίδευσης και κατάρτισης και για τους ελέγχους ποιότητας αγροτικών προϊόντων. Η διαχείριση και τα ειδικότερα θέματα του Ειδικού Λογαριασμού, ρυθμίζονται με ανάλογη εφαρμογή, από τις διατάξεις της κοινής απόφασης των Υπουργών Οικονομικών και Έρευνας και Τεχνολογίας με αριθμό 5439/1985 (ΦΕΚ Β΄ 298), όπως κάθε φορά ισχύει.