1. Για την εξυπηρέτηση των αναγκών της άσκησης των αρμοδιοτήτων ελέγχου γάλακτος-κρέατος, πιστοποίησης προϊόντων Ειδικών πτηνοτροφικών εκτροφών, Προϊόντων συστημάτων ποιότητας (ΠΟΠ/ΠΓΕ/ΕΠΙΠ) και επίβλεψης φορέων Πιστοποίησης ανατίθενται στον Οργανισμό οι παρακάτω αρμοδιότητες:
α) Η συγκρότηση και λειτουργία πρωτοβάθμιων και δευτεροβάθμιων επιτροπών παρατυπιών και παραβάσεων.
β) Η εισήγηση στον Υπουργό Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων για την επιβολή διοικητικών κυρώσεων, όταν διαπιστώνονται παρατυπίες ή παραβάσεις κατά την άσκηση των ελεγκτικών και πιστοποιητικών διαδικασιών ή κατά τη διενέργεια επίβλεψης των φορέων.
2. Οι πρωτοβάθμιες επιτροπές παρατυπιών και παραβάσεων αποτελούνται από δύο υπαλλήλους του Οργανισμού, οι οποίοι δεν έχουν συμμετάσχει στη διαδικασία ελέγχου των κρινόμενων υποθέσεων, και έναν υπάλληλο του Υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων και οι δευτεροβάθμιες επιτροπές αποτελούνται από δυο υπαλλήλους του Υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων και έναν υπάλληλο του Οργανισμού, οι οποίοι δεν συμμετέχουν στη σύνθεση πρωτοβάθμιας επιτροπής και δεν έχουν συμμετάσχει στη διαδικασία ελέγχου των κρινόμενων υποθέσεων. Η θητεία των μελών των επιτροπών είναι διετής. Τα μέλη των επιτροπών ορίζονται με απόφαση του Υπουργού Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων μετά από εισήγηση του ΔΣ του Οργανισμού.
3. Οι διοικητικές κυρώσεις και η διαδικασία επιβολής τους καθορίζονται ανά αντικείμενο ελέγχου, πιστοποίησης, επίβλεψης και τήρησης μητρώων, με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων.