1. Ο ΕΛΓΟ – ΔΗΜΗΤΡΑ τηρεί διπλογραφικά λογιστικά βιβλία, συντάσσει κάθε έτος οικονομικές καταστάσεις, σύμφωνα με το άρθρο 3 του ν. 4308/2014 (Α΄ 251) και εφαρμόζει τα Ελληνικά Λογιστικά Πρότυπα (ΕΛΠ). Επίσης, μεριμνά για τη διακριτή απεικόνιση και λογιστική παρακολούθηση των οικονομικών και μη οικονομικών δραστηριοτήτων του.
2. Ο ΕΛΓΟ – ΔΗΜΗΤΡΑ απαλλάσσεται από την καταβολή Φόρου Προστιθέμενης Αξίας, κατά την αγορά, εισαγωγή ή ενδοενωσιακή απόκτηση καινούργιου μηχανολογικού και λοιπού εξοπλισμού, καθώς και τη λήψη υπηρεσιών που είναι αναγκαία για την υλοποίηση των ερευνητικών του προγραμμάτων που χρηματοδοτούνται από την Ευρωπαϊκή Ένωση.
3. Ο τακτικός έλεγχος της οικονομικής διαχείρισης του ΕΛΓΟ – ΔΗΜΗΤΡΑ, καθώς και ο έλεγχος των χρηματοοικονομικών καταστάσεων, σύμφωνα με τα ΕΛΠ, πραγματοποιούνται από ορκωτό ελεγκτή.
4. Ο Υπουργός Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων μπορεί, με απόφασή του, να διατάξει οποτεδήποτε έκτακτο οικονομικό έλεγχο από ορκωτό ελεγκτή στον ΕΛΓΟ – ΔΗΜΗΤΡΑ. Τα έξοδα της διενέργειας του ελέγχου βαρύνουν τον προϋπολογισμό του ΕΛΓΟ – ΔΗΜΗΤΡΑ.