1. Ο ΕΛΓΟ – ΔΗΜΗΤΡΑ διαρθρώνεται στις εξής Γενικές Διευθύνσεις:
α) Γενική Διεύθυνση Στρατηγικών Συμβουλών και Αγροτικής Ανάπτυξης,
β) Γενική Διεύθυνση Αγροτικής Έρευνας,
γ) Γενική Διεύθυνση Μεταφοράς Γνώσης,
δ) Γενική Διεύθυνση Διασφάλισης Ποιότητας και Ανταγωνιστικότητας Αγροτικών Προϊόντων,
ε) Γενική Διεύθυνση Διοικητικού-Οικονομικού,
2. Στον ΕΛΓΟ – ΔΗΜΗΤΡΑ λειτουργούν οι εξής αυτοτελείς οργανικές μονάδες:
α) Αυτοτελής Νομική Υπηρεσία, η οποία υπάγεται στο Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.) του Οργανισμού,
β) Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου, η οποία υπάγεται στο Δ.Σ. του Οργανισμού, για την οργάνωση, λειτουργία και τις αρμοδιότητές της οποίας εφαρμόζεται ο ν. 4795/2021 (Α’ 62),
γ) Αυτοτελές Γραφείο Υπεύθυνου Προστασίας Προσωπικών Δεδομένων, το οποίο λειτουργεί σύμφωνα με τον Κανονισμό (ΕΕ) 2016/679 του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου και του Συμβουλίου της 27ης Απριλίου 2016 για τον Γενικό Κανονισμό Προστασίας Δεδομένων (L 119) και τον ν. 4624/2019 (Α’ 137),
δ) Αυτοτελές Γραφείο Συμβούλου Ακεραιότητας, το οποίο συστήνεται με την απόφαση της παρ. 1 του άρθρου 80 του ν. 4795/2021, υπάγεται στο Δ.Σ. του Οργανισμού και λειτουργεί σύμφωνα με τον ν. 4795/2021,
ε) Υπηρεσία Διεθνών και Δημοσίων Σχέσεων, η οποία υπάγεται στον Πρόεδρο του Δ.Σ..
3. Στον ΕΛΓΟ – ΔΗΜΗΤΡΑ λειτουργεί Συμβούλιο Εμπειρογνωμόνων, το οποίο αποτελεί συμβουλευτικό όργανο του Δ.Σ., για ζητήματα αρμοδιότητας του ΕΛΓΟ – ΔΗΜΗΤΡΑ, καθώς και της Επιτροπής Αγροτικής Έρευνας του άρθρου 13.
4. Η ανωτέρω διάρθρωση, οι αρμοδιότητες και η ονομασία των Γενικών Διευθύνσεων, καθώς και των αυτοτελών οργανικών μονάδων δύνανται να τροποποιούνται με τον Εσωτερικό Κανονισμό Λειτουργίας του άρθρου 11.