1. Μεριμνά για την αποτελεσματική και αμερόληπτη λειτουργία του Συστήματος κατά τα προβλεπόμενα στον παρόντα νόμο και την κείμενη νομοθεσία.
2. Λειτουργεί και ελέγχει τα πληροφοριακά συστήματα που είναι αναγκαία για την άσκηση των αρμοδιοτήτων του ως Διαχειριστή.
3. Παρακολουθεί και ελέγχει την τήρηση των κανόνων λειτουργίας του Συστήματος.
4. Διαθέτει τα αναγκαία όσο και απαραίτητα μέσα που θα του επιτρέπουν να διαχειρίζεται τους κινδύνους στους οποίους είναι εκτεθειμένο το Σύστημα, να εφαρμόζει κατάλληλους μηχανισμούς και συστήματα για τον εντοπισμό όλων των σημαντικών για τη λειτουργία του Συστήματος κινδύνων και να λαμβάνει αποτελεσματικά μέτρα για τον περιορισμό τους.
5. Εποπτεύει την ορθή διαχείριση των τεχνικών λειτουργιών του Συστήματος, και εφαρμόζει τους αποτελεσματικούς μηχανισμούς έκτακτης ανάγκης για την αντιμετώπιση των κινδύνων δυσλειτουργίας του Συστήματος.
6. Διασφαλίζει τη δίκαιη και εύρυθμη διεξαγωγή των Συναλλαγών.
7. Διαθέτει τους κατάλληλους μηχανισμούς οι οποίοι επιτρέπουν την αποτελεσματική και έγκαιρη οριστικοποίηση των Συναλλαγών που εκτελούνται στα πλαίσια του Συστήματος.
8. Προβαίνει τόσο στην καταγραφή όσο και την τήρηση του συνόλου των στοιχείων των Συναλλαγών για τη διασφάλιση των συνθηκών του ελεύθερου ανταγωνισμού.
9. Τηρεί ηλεκτρονικό ημερολόγιο Συναλλαγών του Συστήματος, τις οποίες οφείλει να γνωστοποιεί μηνιαίως στην Γενική Γραμματεία Δημοσίων Εσόδων προκειμένου να φορολογηθούν βάσει των οικείων διατάξεων.