1. Η ΕΕΔΑ συνεδριάζει τακτικά κατ’ ελάχιστο κάθε δύο (2) μήνες και εκτάκτως ύστερα από πρόσκληση του Προέδρου ή αίτημα πέντε (5) τουλάχιστον μελών της. Τα μέλη προσκαλούνται από τον Πρόεδρο με οποιονδήποτε πρόσφορο τρόπο.
2. Η ΕΕΔΑ βρίσκεται σε απαρτία εφόσον : α) Παρίσταται η απόλυτη πλειοψηφία των μελών της και β) μεταξύ των παρόντων μελών της περιλαμβάνεται ο Πρόεδρος της ΕΕΔΑ ή ένας (1) Αντιπρόεδρος.
3. Ο Πρόεδρος και οι δύο (2) Αντιπρόεδροι αποτελούν το Προεδρείο της ΕΕΔΑ, το οποίο επιλαµβάνεται των τρεχόντων και εκτάκτων θεµάτων που σχετίζονται µε την αποστολή ή τη λειτουργία της ΕΕΔΑ στο µεταξύ δύο τακτικών συνεδριάσεων της Ολοµέλειας διάστηµα.
4. Ο Πρόεδρος έχει τη διαρκή παρακολούθηση, επίβλεψη και τον συντονισµό των εργασιών της ΕΕΔΑ και του συνόλου του επιστημονικού και διοικητικού προσωπικού της. Την εκπροσωπεί ενώπιον των δικαστηρίων και κάθε αρχής, ηµεδαπής ή αλλοδαπής, καθώς και ενώπιον των διεθνών οργανισµών και των µη κυβερνητικών οργανώσεων (ΜΚΟ). Όταν αυτός κωλύεται, ελλείπει ή απουσιάζει, εκπροσωπούν την ΕΕΔΑ κατά σειρά ο Α΄ Αντιπρόεδρος και ο Β΄ Αντιπρόεδρος. Ο Πρόεδρος μπορεί να αναθέτει την εκπροσώπηση της ΕΕΔΑ σε Αντιπρόεδρο ή σε μέλος της Ολομέλειάς της ή σε μέλος του προσωπικού της.
5. Οι αποφάσεις της ΕΕΔΑ λαμβάνονται με απόλυτη πλειοψηφία των παρόντων μελών. Σε περίπτωση ισοψηφίας υπερισχύει η ψήφος του Προέδρου.
6. Στο πλαίσιο της λειτουργίας της ΕΕΔΑ συστήνονται τα παρακάτω τμήματα:
α) Ατομικών και πολιτικών δικαιωμάτων,
β) κοινωνικών, οικονομικών και πολιτιστικών δικαιωμάτων,
α) εφαρμογής των δικαιωμάτων του ανθρώπου στους αλλοδαπούς,
δ) προώθησης των δικαιωμάτων του ανθρώπου (ευαισθητοποίηση της κοινής γνώμης, ΜΜΕ, εκπαίδευση και άλλα μέσα), και
ε) διεθνούς επικοινωνίας και συνεργασίας (επιθεώρηση εκθέσεων κατ’ εφαρμογή συμβατικών υποχρεώσεων της Ελλάδας, ανταλλαγή πληροφόρησης και επικοινωνία με διεθνείς οργανισμούς, οργανώσεις κλπ.).
7. Οι δημόσιες υπηρεσίες οφείλουν να διευκολύνουν το έργο της ΕΕΔΑ. Για την εκπλήρωση της αποστολής της η ΕΕΔΑ μπορεί να διενεργεί επιτόπιους ελέγχους και να ζητεί από τις δημόσιες υπηρεσίες, καθώς και από ιδιώτες κάθε πληροφορία, έγγραφο ή οποιοδήποτε στοιχείο σχετίζεται με την προστασία των δικαιωμάτων του ανθρώπου. Ο Πρόεδρος μπορεί να λαμβάνει γνώση εγγράφων και άλλων στοιχείων που χαρακτηρίζονται ως απόρρητα.
8. Η ΕΕΔΑ καλεί κατά την κρίση της σε ακρόαση πρόσωπα, τα οποία μπορεί να διευκολύνουν το έργο της με την παρουσίαση προσωπικών εμπειριών ή τη διατύπωση απόψεων, σχετικών με την προστασία των δικαιωμάτων του ανθρώπου.
9. Στο τέλος κάθε έτους τα Υπουργεία καταθέτουν έκθεση με τις παρατηρήσεις τους για την προστασία των δικαιωμάτων του ανθρώπου στον τομέα ευθύνης τους, επισημαίνοντας με ειδική αναφορά τα σημεία στα οποία έχουν υιοθετήσει συστάσεις της ΕΕΔΑ.
10. Η ΕΕΔΑ υποβάλλει έως το τέλος Φεβρουαρίου κάθε έτους στον Πρόεδρο της Βουλής έκθεση, η οποία συζητείται στην Ειδική Μόνιμη Επιτροπή Ισότητας, Νεολαίας και Δικαιωμάτων του Ανθρώπου της Βουλής των Ελλήνων, σύμφωνα με τα ειδικότερα οριζόμενα στον Κανονισμό της. Η Επιτροπή μπορεί να υποβάλλει εκθέσεις και κατά τη διάρκεια του έτους.