Όπως αναφέρεται στην παρ. 1 ο νέος Οργανισμός θα αποτελεί επιτελικό επιστημονικό φορέα για ζητήματα των προαγωγικών και των πανελλαδικών εξετάσεων (π.χ. δημιουργία τράπεζας θεμάτων εξετάσεων).
Από τις αρμοδιότητες, όμως, που αναφέρονται στην παρ. 2 προκύπτει ότι ο ΕΟΕ πέρα του έργου του ως επιτελικός επιστημονικός φορέας θα έχει και διοικητικό, εκτελεστικό ρόλο, αφού, μεταξύ άλλων, θα είναι αρμόδιο και για τη διοργάνωση εξετάσεων (παρ. 2 περ. δ). Την αρμοδιότητα, όμως, της διοργάνωσης εξετάσεων σε πανελλαδικό επίπεδο έχει Διεύθυνση του Υ.ΠΑΙ.Θ. και συγκεκριμένα η Διεύθυνση Οργάνωσης και Διεξαγωγής Εξετάσεων. Παρατηρείται, λοιπόν, αλληλοεπικάλυψη αρμοδιοτήτων που αναμένεται να επιφέρουν προβλήματα τόσο στην αποτελεσματικότητα όσο και στην ανεξαρτησία του ΕΟΕ ως ανεξάρτητης διοικητικής αρχής, αφού ο ΕΟΕ δε θα είναι εξοπλισμένος με δικό του ισχυρό μηχανισμό διοικητικής υποστήριξης που να διευθύνεται κυριαρχικά από τον Πρόεδρό της, αλλά θα χρησιμοποιεί τις διοικητικές υπηρεσίες του Υπουργείου. Κανονικά μάλιστα, θα έπρεπε να περιορίζεται μόνο στο επιτελικό επιστημονικό έργο όπως προκύπτει από την παρ. 1.
Είναι χαρακτηριστικό ότι στο εδάφιο ε οι αρμόδιες Διευθύνσεις του Υπουργείου χαρακτηρίζονται ως "υποστηρικτικές" του έργου της, αφήνοντας ερωτηματικά σχετικά με την έννοια αυτή (υποστηρικτικές είναι οι Διευθύνσεις Διοίκησης και Οικονομικού), τις οποίες πάντως θα ελέγχει και θα παρακολουθεί. Αυτό σημαίνει ότι η συγκεκριμένη Αρχή – Οργανισμός δεν θα είναι ούτε αμιγώς επιτελική επιστημονική ούτε ανεξάρτητη, αφού μέρος των αρμοδιοτήτων (αυτά της διοργάνωσης των εξετάσεων) θα υλοποιείται μέσω των «υποστηρικτικών» (ερώτημα ποιές ακριβώς εννοεί...) Διευθύνσεων του Υπουργείου (δηλαδή ο ΕΟΕ θα είναι η βιτρίνα και οι Δ/νσεις του Υπουργείου θα κάνουν τη λεγόμενη "λάντζα", κι αν γίνει κάτι λάθος θα φταίνε αυτές, οι «υποστηρικτικές» Δ/νσεις).
Επίσης, το ανωτέρω σημαίνει ότι δε θα υφίσταται ανεξάρτητος εξωτερικός έλεγχος από τον ΕΟΕ, αφού ο συγκεκριμένος Οργανισμός θα ελέγχει τις «υποστηρικτικές» Διευθύνσεις του Υπουργείου, στις οποίες, αφού θα τον υποστηρίζουν, θα δίνει εντολές για τον τρόπο που θα πρέπει να γίνεται η διοργάνωση των εξετάσεων. Ο έλεγχός του θα είναι στην ουσία ιεραρχικός, εσωτερικός έλεγχος. Οπότε για τις Διευθύνσεις του Υπουργείου τίθεται θέμα της έννοιας «ιεραρχίας» μέσα στο ίδιο το Υπουργείο (Σε ποια ιεραρχία θα υπάγονται; της πολιτικής ηγεσίας, του ΕΟΕ ή και των δύο; Μεταξύ εντολών από τα δύο μέρη προς τις υποστηρικτικές Διευθύνσεις ποια εντολή θα επικρατεί;)
Τέλος αλλά προφανώς σημαντικό το ότι ο Πρόεδρος του Οργανισμού θα ορίζεται από τον Υπουργό (παρ. 3α), κάτι που προφανώς υποσκάπτει την εικόνα της ανεξαρτησίας... Η απλή γνώμη της αρμόδιας κατά τον Κανονισμό της Βουλής επιτροπής που προαπαιτείται, δεν αποτελεί εχέγγυο ανεξαρτησίας.
Όπως αναφέρεται στην παρ. 1 ο νέος Οργανισμός θα αποτελεί επιτελικό επιστημονικό φορέα για ζητήματα των προαγωγικών και των πανελλαδικών εξετάσεων (π.χ. δημιουργία τράπεζας θεμάτων εξετάσεων). Από τις αρμοδιότητες, όμως, που αναφέρονται στην παρ. 2 προκύπτει ότι ο ΕΟΕ πέρα του έργου του ως επιτελικός επιστημονικός φορέας θα έχει και διοικητικό, εκτελεστικό ρόλο, αφού, μεταξύ άλλων, θα είναι αρμόδιο και για τη διοργάνωση εξετάσεων (παρ. 2 περ. δ). Την αρμοδιότητα, όμως, της διοργάνωσης εξετάσεων σε πανελλαδικό επίπεδο έχει Διεύθυνση του Υ.ΠΑΙ.Θ. και συγκεκριμένα η Διεύθυνση Οργάνωσης και Διεξαγωγής Εξετάσεων. Παρατηρείται, λοιπόν, αλληλοεπικάλυψη αρμοδιοτήτων που αναμένεται να επιφέρουν προβλήματα τόσο στην αποτελεσματικότητα όσο και στην ανεξαρτησία του ΕΟΕ ως ανεξάρτητης διοικητικής αρχής, αφού ο ΕΟΕ δε θα είναι εξοπλισμένος με δικό του ισχυρό μηχανισμό διοικητικής υποστήριξης που να διευθύνεται κυριαρχικά από τον Πρόεδρό της, αλλά θα χρησιμοποιεί τις διοικητικές υπηρεσίες του Υπουργείου. Κανονικά μάλιστα, θα έπρεπε να περιορίζεται μόνο στο επιτελικό επιστημονικό έργο όπως προκύπτει από την παρ. 1. Είναι χαρακτηριστικό ότι στο εδάφιο ε οι αρμόδιες Διευθύνσεις του Υπουργείου χαρακτηρίζονται ως "υποστηρικτικές" του έργου της, αφήνοντας ερωτηματικά σχετικά με την έννοια αυτή (υποστηρικτικές είναι οι Διευθύνσεις Διοίκησης και Οικονομικού), τις οποίες πάντως θα ελέγχει και θα παρακολουθεί. Αυτό σημαίνει ότι η συγκεκριμένη Αρχή – Οργανισμός δεν θα είναι ούτε αμιγώς επιτελική επιστημονική ούτε ανεξάρτητη, αφού μέρος των αρμοδιοτήτων (αυτά της διοργάνωσης των εξετάσεων) θα υλοποιείται μέσω των «υποστηρικτικών» (ερώτημα ποιές ακριβώς εννοεί...) Διευθύνσεων του Υπουργείου (δηλαδή ο ΕΟΕ θα είναι η βιτρίνα και οι Δ/νσεις του Υπουργείου θα κάνουν τη λεγόμενη "λάντζα", κι αν γίνει κάτι λάθος θα φταίνε αυτές, οι «υποστηρικτικές» Δ/νσεις). Επίσης, το ανωτέρω σημαίνει ότι δε θα υφίσταται ανεξάρτητος εξωτερικός έλεγχος από τον ΕΟΕ, αφού ο συγκεκριμένος Οργανισμός θα ελέγχει τις «υποστηρικτικές» Διευθύνσεις του Υπουργείου, στις οποίες, αφού θα τον υποστηρίζουν, θα δίνει εντολές για τον τρόπο που θα πρέπει να γίνεται η διοργάνωση των εξετάσεων. Ο έλεγχός του θα είναι στην ουσία ιεραρχικός, εσωτερικός έλεγχος. Οπότε για τις Διευθύνσεις του Υπουργείου τίθεται θέμα της έννοιας «ιεραρχίας» μέσα στο ίδιο το Υπουργείο (Σε ποια ιεραρχία θα υπάγονται; της πολιτικής ηγεσίας, του ΕΟΕ ή και των δύο; Μεταξύ εντολών από τα δύο μέρη προς τις υποστηρικτικές Διευθύνσεις ποια εντολή θα επικρατεί;) Τέλος αλλά προφανώς σημαντικό το ότι ο Πρόεδρος του Οργανισμού θα ορίζεται από τον Υπουργό (παρ. 3α), κάτι που προφανώς υποσκάπτει την εικόνα της ανεξαρτησίας... Η απλή γνώμη της αρμόδιας κατά τον Κανονισμό της Βουλής επιτροπής που προαπαιτείται, δεν αποτελεί εχέγγυο ανεξαρτησίας.