Η δομή της διοίκησης των κέντρων είναι Διευθυντοκεντρική, όπου ουσιαστικά όλες οι αποφάσεις και η διοίκηση είναι στον έλεγχο ενός μόνο προσώπου. Η μέχρι σήμερα εμπειρία δείχνει ότι αυτό αποτελεί τουλάχιστον στρέβλωση. Στο μοντέλο αυτό η δημιουργία σε πρώτη τουλάχιστον φάση θεσμικών αντιβάρων είναι απαραίτητη, σύμφωνα με τις προτάσεις της ΕΕΕ. Για τον σκοπό αυτό η λειτουργία Επιστημονικών Συμβουλίων (με αποφασιστικές αρμοδιότητες) αντί των Γνωμοδοτικών πρέπει να επανέλθει, όπως ίσχυε στον υπό κατάργηση νόμο και μάλιστα η αρμοδιότητά τους να είναι ενισχυμένη.
Η δομή της διοίκησης των κέντρων είναι Διευθυντοκεντρική, όπου ουσιαστικά όλες οι αποφάσεις και η διοίκηση είναι στον έλεγχο ενός μόνο προσώπου. Η μέχρι σήμερα εμπειρία δείχνει ότι αυτό αποτελεί τουλάχιστον στρέβλωση. Στο μοντέλο αυτό η δημιουργία σε πρώτη τουλάχιστον φάση θεσμικών αντιβάρων είναι απαραίτητη, σύμφωνα με τις προτάσεις της ΕΕΕ. Για τον σκοπό αυτό η λειτουργία Επιστημονικών Συμβουλίων (με αποφασιστικές αρμοδιότητες) αντί των Γνωμοδοτικών πρέπει να επανέλθει, όπως ίσχυε στον υπό κατάργηση νόμο και μάλιστα η αρμοδιότητά τους να είναι ενισχυμένη.