Προτείνεται τα ΕΓΣΙ να μετατραπούν σε Επιστημονικά Συμβούλια Ινστιτούτων (ΕΣΙ), να είναι 5μελή, με 2ετή ή 3ετή θητεία που εκλέγονται από το σύνολο των ερευνητών. Σε κάθε περίπτωση θα πρέπει οι ΕΛΕ Α’ και Β’ Βαθμίδας να μπορούν να εκλεγούν στα Ε.Γ.Σ., καθώς ο νόμος προβλέπει μόνο Ερευνητές Α’ και Β’ βαθμίδας. Το ΕΣΙ να εκλέγει πρόεδρο ο οποίος θα εκτελεί χρέη αναπληρωτή διευθυντή ινστιτούτου. Ο διευθυντής ινστιτούτου συνεργάζεται με το ΕΣΙ για τη σχεδίαση και υλοποίηση του αναπτυξιακού σχεδίου του ινστιτούτου.
Προτείνεται να θεσμοθετηθεί η Γενική Συνέλευση Ερευνητών σε επίπεδο ΕΚ και σε επίπεδο ινστιτούτων η οποία να εγκρίνει το στρατηγικό σχέδιο και τις κατευθύνσεις που προτείνει το ΕΣΙ.
Προτείνεται τα ΕΓΣΙ να μετατραπούν σε Επιστημονικά Συμβούλια Ινστιτούτων (ΕΣΙ), να είναι 5μελή, με 2ετή ή 3ετή θητεία που εκλέγονται από το σύνολο των ερευνητών. Σε κάθε περίπτωση θα πρέπει οι ΕΛΕ Α’ και Β’ Βαθμίδας να μπορούν να εκλεγούν στα Ε.Γ.Σ., καθώς ο νόμος προβλέπει μόνο Ερευνητές Α’ και Β’ βαθμίδας. Το ΕΣΙ να εκλέγει πρόεδρο ο οποίος θα εκτελεί χρέη αναπληρωτή διευθυντή ινστιτούτου. Ο διευθυντής ινστιτούτου συνεργάζεται με το ΕΣΙ για τη σχεδίαση και υλοποίηση του αναπτυξιακού σχεδίου του ινστιτούτου. Προτείνεται να θεσμοθετηθεί η Γενική Συνέλευση Ερευνητών σε επίπεδο ΕΚ και σε επίπεδο ινστιτούτων η οποία να εγκρίνει το στρατηγικό σχέδιο και τις κατευθύνσεις που προτείνει το ΕΣΙ.