Στα όργανα του τμήματος πρέπει να περιληφθούν οι συνελεύσεις των Τομέων και οι διευθυντές τομέων. Γενικά πρέπει ορισμένες αρμοδιότητες να μεταφερθούν από την Συνέλευση σε τομείς γιατί το όλο σχήμα μεταθέτει ουσιαστικά όλες τις αποφάσεις στη συνέλευση τμήματος "μετά απο εισήγηση". Αυτή η τακτική έχει το πλεονέκτημα ότι πάμε προετοιμασμένοι σε επόμενο επίπεδο διοίκησης (Τομέας-->Τμήμα), από την άλλη όμως τελικά όλα συζητούνται στη συνέλευση Τμήματος με συμμετοχή μη ειδικών στα αντικείμενα. Για παράδειγμα οι τομείς πρέπει να έχουν αποφασιστικό ρόλο στην κατανομή εκπαιδευτικού έργου και γι αυτό πρέπει να περιληφθούν στα όργανα του Τμήματος. Αρκετά τμήματα επίσης, κυρίως ΤΕΙ, που δεν έχουν αρκετούς Τομείς θα μείνουν μόνο με Συνέλευση και Πρόεδρο ως όργανα.
Στα όργανα του τμήματος πρέπει να περιληφθούν οι συνελεύσεις των Τομέων και οι διευθυντές τομέων. Γενικά πρέπει ορισμένες αρμοδιότητες να μεταφερθούν από την Συνέλευση σε τομείς γιατί το όλο σχήμα μεταθέτει ουσιαστικά όλες τις αποφάσεις στη συνέλευση τμήματος "μετά απο εισήγηση". Αυτή η τακτική έχει το πλεονέκτημα ότι πάμε προετοιμασμένοι σε επόμενο επίπεδο διοίκησης (Τομέας-->Τμήμα), από την άλλη όμως τελικά όλα συζητούνται στη συνέλευση Τμήματος με συμμετοχή μη ειδικών στα αντικείμενα. Για παράδειγμα οι τομείς πρέπει να έχουν αποφασιστικό ρόλο στην κατανομή εκπαιδευτικού έργου και γι αυτό πρέπει να περιληφθούν στα όργανα του Τμήματος. Αρκετά τμήματα επίσης, κυρίως ΤΕΙ, που δεν έχουν αρκετούς Τομείς θα μείνουν μόνο με Συνέλευση και Πρόεδρο ως όργανα.