Κύριος σκοπός της Ακαδημίας Αθηνών είναι η καλλιέργεια και η προαγωγή των Επιστημών, των Γραμμάτων και των Καλών Τεχνών και η επιστημονική έρευνα και μελέτη. Σύμφωνα με τον Oργανισμό της, η Aκαδημία συγκροτείται από τρεις Tάξεις: Θετικών Eπιστημών (τάξη Α), Γραμμάτων και Kαλών Tεχνών (τάξη Β), Hθικών και Πολιτικών Eπιστημών (τάξη Γ).
Για την επίτευξη του σκοπού αυτού, η Ακαδημία ενισχύει την επιστημονική έρευνα, συμμετέχει σε διεθνείς επιστημονικούς οργανισμούς, χορηγεί υποτροφίες, πραγματοποιεί εκδόσεις, απονέμει βραβεία και τιμητικές διακρίσεις. Σήμερα στην Ακαδημία Αθηνών λειτουργούν 14 Ερευνητικά Κέντρα και 10 Γραφεία Ερευνών με εξειδικευμένες βιβλιοθήκες, καθώς και κεντρική Βιβλιοθήκη υπό την επωνυμία «Bιβλιοθήκη Iωάννης Συκουτρής». Από το 2002 υπό την εποπτεία της Ακαδημίας Αθηνών λειτουργεί το Ίδρυμα Iατροβιολογικών Eρευνών (ΙΙΒΕΑΑ).
Η υφιστάμενη διάρθρωση της Ακαδημίας Αθηνών περιλαμβάνει 14 Κέντρα Έρευνας που αντιστοιχούν σε 3 τάξεις, ως ακολούθως:
Στο πλαίσιο της αντιμετώπισης του φαινομένου του κατακερματισμού και πολυδιάσπασης των ερευνητικών δραστηριοτήτων σε πολλά και μικρά κέντρα, της επίτευξης κρίσιμης μάζας σε βασικούς ερευνητικούς τομείς, του αποτελεσματικότερου συντονισμού των ερευνητικών δραστηριοτήτων και της απλοποίησης της δομής του Ακαδημίας, προτείνονται οι εξής παρεμβάσεις αναδιάρθρωσης:
- η συγχώνευση των 3 Κέντρων Έρευνας της τάξης των Θετικών Επιστημών (τάξη Α) σε 1 Κέντρο Έρευνας Θετικών Επιστημών
- η συγχώνευση των 9 Κέντρων Έρευνας της τάξης των Γραμμάτων και Καλών Τεχνών (τάξη Β) και των 2 Κέντρων Έρευνας της τάξης των Ηθικών και Πολιτικών Επιστημών (τάξη Γ) σε 1 Κέντρο Έρευνας Ανθρωπιστικών και Κοινωνικών Επιστημών
Με βάση τα ανωτέρω, η πρόταση αναδιάρθρωσης της ΑΚΑΔΗΜΙΑΣ ΑΘΗΝΩΝ περιλαμβάνει δύο (2) Κέντρα Έρευνας ως εξής:
Ο ΣΕΠΑΑ υποστηρίζει την διατήρηση και επέκταση του δημόσιου χαρακτήρα της έρευνας σε όλο τον ενοποιημένο ερευνητικό ιστό της χώρας.
Σύμφωνα με το άρθρο 16 παρ. 1 του Συντάγματος η έρευνα πρέπει να είναι ελεύθερη, άρα μη κατευθυνόμενη, και η ανάπτυξη και η προαγωγή της αποτελεί θεμελιώδη υποχρέωση του κράτους. Στο πλαίσιο αυτό θεωρούμε ότι η διατήρηση του δημόσιου χαρακτήρα των ερευνητικών κέντρων της Ακαδημίας Αθηνών είναι ζήτημα εθνικής σημασίας και, ως εκ τούτου, επιβεβλημένη λόγω της φύσεως του παραγομένου από τα Κέντρα έργου, καθώς το σύνολο των Ερευνητικών αυτών Κέντρων ασκεί βασική και όχι εφηρμοσμένη έρευνα, της μεγάλης ιστορικής αξίας των αρχείων που φιλοξενούν και της διατήρησης της ελληνικής πολιτισμικής κληρονομιάς.
Επί του θέματος της προτεινόμενης συγχώνευσης των ΕΚ της Ακαδημίας Αθηνών, ο ΣΕΠΑΑ έχει να παρατηρήσει τα εξής:
α) Η προτεινόμενη πρωτοφανής συγχώνευση των ΕΚ της Ακαδημίας Αθηνών σε μόνο δύο, εάν και εφόσον δεν προβλέπει περαιτέρω υποδιαιρέσεις σε Ινστιτούτα, κρίνεται ως υπερβολικά μαζική και ισοπεδωτική δεδομένου ότι δεν ανταποκρίνεται στο επιστημονικό κριτήριο της θεματικής συνάφειας, κριτήριο το οποίο το ίδιο του Υπουργείο Παιδείας θέτει ως γνώμονα της λεγομένης «λειτουργικής ενοποίησης» των ερευνητικών κέντρων. Τα υφιστάμενα ερευνητικά Κέντρα της Ακαδημίας έχουν σαφώς προσδιορισμένα αντικείμενα, τα οποία σε ορισμένες περιπτώσεις είναι ΜΟΝΑΔΙΚΑ στον ελληνικό χώρο, και διαθέτουν από την πρώτη κιόλας στιγμή της ίδρυσής τους σαφείς ερευνητικές κατευθύνσεις πλείστες όσες των οποίων αποσκοπούν στην μελέτη και προβολή της ελληνικής ιστορίας, της γλώσσας, της γραμματείας, του πολιτισμού, της φιλοσοφίας, της τέχνης, του δικαίου, της κοινωνίας. Οι στόχοι αυτοί δεν είναι δυνατόν να υπηρετηθούν με τις προτεινόμενες συγχωνεύσεις στην παρούσα υπεραπλουστευτική μορφή τους η οποία άλλωστε δεν έχει βασισθεί σε καμία εμπεριστατωμένη επιστημονική γνωμάτευση ή πρόταση για την υπόσταση και το ερευνητικό έργο των κέντρων αυτών. Να υπενθυμίσουμε ότι η έκθεση της RAND του Σεπτεμβρίου 2011 υπεδείκνυε ότι οι συγχωνεύσεις μεταξύ ερευνητικών φορέων θα έπρεπε να γίνουν σε 2 φάσεις κατόπιν προσκλησεως των ενδιαφερομένων με αξιολόγηση των χρηματοοικονομικών και βιβλιομετρικών δεδομένων σε Α φάση και απόφανση συμβουλίου αξιολόγησης από ομότιμους κριτές. Διαδικασίες που δεν τηρήθηκαν καθόλου εφόσον οι βιβλιομετρικοί δείκτες δεν ελήφθησαν υπόψιν στις τελικές προτάσεις.. Ειδικά για την Ακαδημία Αθηνών, ο όγκος του ερευνητικού έργου προκύπτει απόλυτα τεκμηριωμένα από την εμπεριστατωμένη και ιδιαίτερα αναλυτική τεχνική έκθεση του Εθνικού Κέντρου Τεκμηρίωσης με τίτλο «Ελληνικές επιστημονικές δημοσιεύσεις 1993-2008».
β) Τα σημερινά Ερευνητικά Κέντρα της Ακαδημίας Αθηνών θα πρέπει να διατηρηθούν ως ΙΝΣΤΙΤΟΥΤΑ με κριτήριο το διακριτό γνωστικό αντικείμενο της διεξαγόμενης έρευνας. Τούτο όχι μόνο συνάδει με τις διατάξεις του άρθρου 6 του υπό διαβούλευση νομοσχεδίου, σύμφωνα με το οποίο όλα τα ερευνητικά κέντρα της χώρας διαρθρώνονται σε ινστιτούτα κατά τομέα επιστημονικής εξειδίκευσης, αλλά διασφαλίζει την επιστημονική οντότητα των κέντρων αυτών και την ομαλή συνέχιση του έργου τους.
γ) Οι τυχόν συγχωνεύσεις των σημερινών Κέντρων της Ακαδημίας θα πρέπει να γίνουν μόνο εφόσον διασφαλίζεται η κάλυψη των επιστημονικών αντικειμένων που ήδη υπηρετούνται ύστερα από απόφαση της Ολομέλειας της Ακαδημίας Αθηνών, δεδομένου ότι διά των συγχωνεύσεων υφισταμένων ερευνητικών κέντρων επέρχεται τροποποίηση των ιδρυτικών διατάξεών της. Στην περίπτωση αυτή το μόνο επιστημονικά αποδεκτό κριτήριο θα πρέπει να είναι η στενή και επιστημονικά τεκμηριωμένη θεματική συνάφεια των υπό συγχώνευση Κέντρων.