Το ΕΙΠ είναι ένα αυτοτελές και διεθνώς αναγνωρισμένο ερευνητικό Ινστιτούτο και αποτελεί μετεξέλιξη ενός από τα παλιότερα ερευνητικά Κέντρα της χώρας με μακρά και σημαντικότατη προσφορά στο χώρο της Δημόσιας Υγείας. Έχει αναπτύξει τη δυνατότητα άμεσης ανταπόκρισης στην αντιμετώπιση αναδυόμενων ή επανεμφανιζόμενων παθογόνων μικροοργανισμών ικανών να προκαλέσουν επιδημίες ή ακόμη και πανδημίες. Διαθέτει διαπιστευμένα εργαστήρια, πέντε εργαστήρια αναφοράς και πρότυπη μονάδα παραγωγής εμβολίων. Αποτελεί ενεργό μέλος του «Reseau International des Instituts Pasteur et Instituts Associes en Europe».
Σήμερα, το ΕΙΠ περιλαμβάνει ένα (1) Ινστιτούτο, ως ακολούθως:
[1]
Με δεδομένα τα ειδικά χαρακτηριστικά του ΕΙΠ, με βάση τα οποία το Ινστιτούτο εκτός από τη βασική και εφαρμοσμένη βιοϊατρική έρευνα κυρίως στα λοιμώδη νοσήματα, έχει ως κύριο αντικείμενο και την επέμβαση σε περιπτώσεις επιδημιών για την αναγνώριση του αιτιολογικού παράγοντα, την παραγωγή εμβολίων με προτεραιότητα την κάλυψη εθνικών αναγκών καθώς και την εκπαίδευση στους προαναφερόμενους τομείς, αλλά και λόγω των νομικών δεσμεύσεων που απορρέουν από τη σύμβαση μεταξύ της Ελληνικής Κυβέρνησης, του Ινστιτούτου Παστέρ Παρισίων και του Ελληνικού Ινστιτούτου Παστέρ, προτείνεται η διατήρηση της υφιστάμενης διάρθρωσης ως αυτοτελούς ινστιτούτου.
Ως προς την παραπάνω πρόταση αναδιάρθρωσης του ΕΙΠ εξετάζεται η ακόλουθη εναλλακτική πρόταση:
- Μετεγκατάσταση σε χώρο του ΙΙΒΕΑΑ (ΑΚΑΔΗΜΙΑ ΑΘΗΝΩΝ)