Το ΕΙΕ αποτελεί σημαντικότατο πυλώνα πρωτογενούς παραγωγής γνώσης και συντελεί στη διεθνή παρουσία της χώρας στον τομέα της Έρευνας και της Επιστήμης. Θεωρείται θεσμός εκσυγχρονισμού και ανάπτυξης της ελληνικής επιστήμης και κοινωνίας, ιδιαίτερα με την προσθήκη ινστιτούτων θετικών επιστημών – βιολογίας, φυσικοχημείας και οργανικής χημείας – και αρχαιογνωσίας. Περαιτέρω το Κέντρο συνεπικουρείται από το Εθνικό Κέντρο Τεκμηρίωσης διαμέσου της ψηφιακής τεχνολογίας.
Σήμερα, το ΕΙΕ περιλαμβάνει επτά (7) Ινστιτούτα, ως ακολούθως:
[1]
Στο πλαίσιο της αντιμετώπισης του φαινομένου του κατακερματισμού και πολυδιάσπασης των ερευνητικών πεδίων, της επίτευξης κρίσιμης μάζας σε βασικούς ερευνητικούς τομείς και του αποτελεσματικότερου συντονισμού των ερευνητικών δραστηριοτήτων, προτείνονται οι εξής παρεμβάσεις αναδιάρθρωσης:
- η συγχώνευση των ΙΕΡΑ, ΙΒΕ και ΙΝΕ σε ένα Ινστιτούτο Ανθρωπιστικών Ερευνών στο πλαίσιο της συγκέντρωσης κρίσιμης μάζας σε συναφή πεδία και της επίτευξης οικονομιών κλίμακας
- η συγχώνευση των ΙΒΕΒ, ΙΘΦΧ και ΙΟΦΧ σε ένα Ινστιτούτο Θετικών Επιστημών, στο πλαίσιο της συγκέντρωσης κρίσιμης μάζας σε συναφή πεδία και της επίτευξης οικονομιών κλίμακας
Με βάση ανωτέρω, η πρόταση αναδιάρθρωσης του ΕΙΕ περιλαμβάνει τρία (3) ινστιτούτα ως εξής:
[2]
Ως προς την παραπάνω πρόταση αναδιάρθρωσης του ΕΙΕ εξετάζεται η ακόλουθη εναλλακτική πρόταση:
- η συγχώνευση των ΙΒΕΒ και ΙΟΦΧ σε ένα Ινστιτούτο Χημικής Βιολογίας και Βιοτεχνολογίας και η διατήρηση του ΙΘΦΧ ως αυτόνομου ινστιτούτο