Η συστηματική, αντικειμενική και υψηλής ποιότητας αξιολόγηση αποτελεί αναγκαίο παράγοντα για την αναγνώριση και την προώθηση της αριστείας σε όλα τα επίπεδα του ερευνητικού ιστού της χώρας. Κάθε ερευνητικό κέντρο είναι υπεύθυνο για τη διασφάλιση και συνεχή βελτίωση της ποιότητας του ερευνητικού έργου του, καθώς και για την αποτελεσματική λειτουργία και απόδοση των υπηρεσιών του, σύμφωνα με τις διεθνείς πρακτικές.
Αρμόδια για την αξιολόγηση των Ερευνητικών Κέντρων και των Ινστιτούτων τους καθώς και των Κέντρων Έρευνας της Ακαδημίας Αθηνών είναι η Γ.Γ.Ε.Τ., η οποία συνεργάζεται για το σκοπό αυτό με το ΕΣΕΤΕΚ και την Α.Δ.Ι.Π.. H Γ.Γ.Ε.Τ. συλλέγει ηλεκτρονικά τα απαραίτητα στοιχεία σε ετήσια βάση καθώς και τις τελικές Εκθέσεις αξιολόγησης.
Θα υπάρχει ηλεκτρονική διασύνδεση των Βάσεων των Αξιολογικών Δεδομένων της ΓΓΕΤ και της ΑΔΙΠ για την ενοποιημένη ανάλυση της αξιολόγησης του ενιαίου ερευνητικού χώρου.
Τα Ερευνητικά Κέντρα και τα Ινστιτούτα τους, αξιολογούνται με βάση δείκτες ποιότητας και αποτελεσματικότητας, σύμφωνα με τη διεθνή πρακτική, ανά τετραετία.
Η Αξιολόγηση κάθε Ινστιτούτου πραγματοποιείται από τριμελή επιτροπή εξωτερικών αξιολογητών. Η Εξωτερική Αξιολόγηση του Ερευνητικού Κέντρου, η οποία έπεται αυτής των Ινστιτούτων, πραγματοποιείται από πενταμελή Επιτροπή και λαμβάνει υπόψη τις Εξωτερικές Αξιολογήσεις των Ινστιτούτων που το απαρτίζουν. Σε περίπτωση που παρέλθουν περισσότερα από πέντε έτη χωρίς να πραγματοποιηθεί η ανωτέρω αξιολόγηση με ευθύνη του Ερευνητικού Κέντρου, αναστέλλεται κάθε μορφής δημόσια χρηματοδότησή του, μέχρι να υποβληθεί η έκθεση αξιολόγησης.
Τα Ερευνητικά Κέντρα και τα Ινστιτούτα τους υπόκεινται υποχρεωτικά σε εσωτερική αυτό-αξιολόγηση κάθε δύο έτη. Αντικείμενο της εσωτερικής αξιολόγησης είναι μεταξύ άλλων και η αξιολόγηση των Ερευνητών Α και Β, εφόσον οι τελευταίοι δεν υποβάλλουν αίτηση για εξέλιξη στη βαθμίδα Α. Τα κριτήρια και η διαδικασία εφαρμογής της αξιολόγησης ενσωματώνονται στον Εσωτερικό Κανονισμό Λειτουργίας του Ερευνητικού Κέντρου.