1. Ο Ε.Ο.Π.Π.Ε.Π. έχει την ακόλουθη διάρθρωση:
α) Διεύθυνση Αδειοδότησης Παρόχων Διά Βίου Μάθησης
β) Διεύθυνση Πιστοποίησης Προσόντων
γ) Διεύθυνση Συμβουλευτικής και Επαγγελματικού Προσανατολισμού
δ) Διεύθυνση Επικοινωνίας και Ανάπτυξης
ε) Διεύθυνση Διοικητικών – Οικονομικών Υπηρεσιών
στ) Νομική Υπηρεσία (σε επίπεδο διεύθυνσης με παράλληλη υπαγωγή στο Δ.Σ. και το Διευθύνοντα Σύμβουλο)
ζ) Υπεύθυνος Εσωτερικού Ελέγχου
η) Γραφείο Προέδρου (σε επίπεδο τμήματος)
θ) Γραφείο Διευθύνοντος Συμβούλου (σε επίπεδο τμήματος)
2. Η Διεύθυνση Αδειοδότησης Παρόχων Διά Βίου μάθησης αποτελείται από τα εξής τμήματα:
α) Τμήμα Αδειοδότησης Δομών
β) Τμήμα Εκπαιδευτικού Πλαισίου
3.Η Διεύθυνση Πιστοποίησης Προσόντων αποτελείται από τα εξής τμήματα:
α) Τμήμα Εθνικού Πλαισίου Προσόντων
β) Τμήμα Πιστοποίησης Προσόντων
γ) Τμήμα Αδειοδότησης Φορέων Πιστοποίησης Προσόντων
4. Η Διεύθυνση Συμβουλευτικής και Επαγγελματικού Προσανατολισμού αποτελείται από τα εξής τμήματα:
α) Τμήμα Επιστημονικής Στήριξης Στελεχών και Φορέων ΣΥΕΠ.
β) Τμήμα Ανάπτυξης Υπηρεσιών και Εργαλείων ΣΥΕΠ.
5. Η Διεύθυνση Επικοινωνίας και Ανάπτυξης αποτελείται από τα εξής τμήματα:
α) Τμήμα Ανάπτυξης και Προβολής Επικοινωνίας
β) Τμήμα Διαχείρισης Γνώσης και Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης
γ) Τμήμα Εθνικού Συστήματος Ποιότητας
6. Η Διεύθυνση Διοικητικών – Οικονομικών Υπηρεσιών αποτελείται από τα εξής τμήματα:
α) Τμήμα Διοικητικού
β) Τμήμα Οικονομικού
γ) Τμήμα Προμηθειών