1. Οι ΣΜΕΑΕ και το προσωπικό τους υπάγονται διοικητικά στις αντίστοιχες διευθύνσεις πρωτοβάθμιας ή δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης όπου λειτουργούν αντίστοιχα τμήματα ΕΑΕ.
2. Την ευθύνη εφαρμογής των προγραμμάτων ΕΑΕ, παράλληλης στήριξης και παροχής διδασκαλίας στο σπίτι, έχει ο Διευθυντής της σχολικής μονάδας στην οποία φοιτά ή είναι εγγεγραμμένος ο μαθητής, τη δε εποπτεία τήρησης των προγραμμάτων αυτών έχει ο σχολικός σύμβουλος ΕΑΕ.