1. Όργανα διοίκησης κάθε ΣΜΕΕ είναι ο διευθυντής, ο υποδιευθυντής και ο σύλλογος προσωπικού.
2. Στα μονοθέσια και διθέσια νηπιαγωγεία και στα μονοθέσια, διθέσια και τριθέσια δημοτικά, τη διοίκηση ασκεί προϊστάμενος που ορίζεται με διετή θητεία από τους έχοντες οργανική θέση σε αυτά εκπαιδευτικούς. Ο ορισμός τους γίνεται με την ίδια διαδικασία που ισχύει και στη γενική εκπαίδευση και εφόσον πληρούν τις προϋποθέσεις τοποθέτησης σε ΣΜΕΕ.
3. Οι εκπαιδευτικοί με οργανική θέση στα ΤΕ συμμετέχουν ισότιμα με τους άλλους εκπαιδευτικούς της σχολικής μονάδας στη διαδικασία επιλογής υποδιευθυντών της.
4. Διευθυντές των ΣΜΕΕ επιλέγονται εκπαιδευτικοί, οι οποίοι έχουν τα προσόντα τοποθέτησης σε θέσεις εκπαιδευτικού προσωπικού αυτών και τουλάχιστον 5ετή προϋπηρεσία σε ΣΜΕΕ ή ΚΕΔΥ. Για τις προϋποθέσεις, τα προσόντα, τα κριτήρια και τη διαδικασία επιλογής και τοποθέτησης εφαρμόζονται οι ισχύουσες διατάξεις περί επιλογής στελεχών εκπαίδευσης. Η επιλογή τους γίνεται από τα οικεία Περιφερειακά Υπηρεσιακά Συμβούλια Πρωτοβάθμιας Εκπαίδευσης (ΠΥΣΠΕ) και τα οικεία Περιφερειακά Υπηρεσιακά Συμβούλια Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης (ΠΥΣΔΕ).
Για την κάλυψη θέσης διευθυντή και υποδιευθυντή σε ΣΜΕΕ όλων των τύπων και βαθμίδων επιλέγονται από τα αρμόδια συμβούλια επιλογής στελεχών και ΠΕ μέλη ΕΕΠ όλων των κλάδων τα οποία υπηρετούν σε ΣΜΕΕ ή ΚΕΔΥ με δεκαετή τουλάχιστον αναγνωρισμένη εκπαιδευτική υπηρεσία και οι οποίοι έχουν ασκήσει ειδικά εκπαιδευτικά καθήκοντα επί οκτώ τουλάχιστον έτη σε ΣΜΕΕ ή ΚΕΔΥ.
5. Οι υποδιευθυντές στις ΣΜΕΕ ορίζονται και τοποθετούνται με θητεία σύμφωνα με τα οριζόμενα κάθε φορά στη σχετική νομοθεσία εφ’ όσον το σχολείο έχει 6 τμήματα και τουλάχιστον 24 μαθητές. Στα ολοήμερα ειδικά σχολεία, οι υποδιευθυντές ορίζονται υπεύθυνοι της λειτουργίας τους, όπου αυτά υφίστανται.
6. Όπου συστεγαζόμενες σχολικές μονάδες της Δευτεροβάθμιας Ειδικής Εκπαίδευσης λειτουργούν υπό ενιαία διεύθυνση, εφ’ όσον ο αριθμός των μαθητών ανά σχολική μονάδα ξεπεράσει τους 30, τότε υποχρεωτικά ορίζεται δεύτερος υποδιευθυντής για την εποπτεία της σχολικής μονάδας κατώτερης βαθμίδας.