1. Οι ΣΜΕΕ και το προσωπικό τους υπάγονται διοικητικά στις αντίστοιχες διευθύνσεις πρωτοβάθμιας ή δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης όπου λειτουργούν αντίστοιχα τμήματα ΕΕ.
2. Την ευθύνη εφαρμογής των προγραμμάτων ΕΕ, παράλληλης στήριξης και παροχής διδασκαλίας στο σπίτι, έχει ο Διευθυντής της σχολικής μονάδας στην οποία φοιτά ή είναι εγγεγραμμένος ο μαθητής, τη δε εποπτεία τήρησης των προγραμμάτων αυτών έχει ο σχολικός σύμβουλος ΕΕ.