- Με απόφαση του εποπτεύοντος Υπουργού δημοσιεύεται ο Εσωτερικός Κανονισμός Λειτουργίας του Ιδρύματος.
- Με τον Εσωτερικό Κανονισμό Λειτουργίας του Ιδρύματος καθορίζεται η εσωτερική οργανωτική διάρθρωση, ο τρόπος οργάνωσης και λειτουργίας, ο κατά κλάδο και ειδικότητα αριθμός των θέσεων του προσωπικού, η κατανομή των αρμοδιοτήτων του προσωπικού, οι ειδικότερες υπηρεσιακές υποχρεώσεις οι πειθαρχικές εξουσίες, τα πειθαρχικά παραπτώματα και οι ποινές και ρυθμίζεται γενικά κάθε θέμα που αφορά την οργάνωση και λειτουργία του Ιδρύματος. Με τον ίδιο Κανονισμό εξειδικεύονται οι αρμοδιότητες των οργάνων διοίκησης, θέματα εσωτερικής λειτουργίας τους καθώς και θέματα σύγκρουσης συμφερόντων και υποχρεώσεις εχεμύθειας.
- Με τον Εσωτερικό Κανονισμό Λειτουργίας καθορίζονται, επίσης, οι όροι και η διαδικασία αξιολόγησης και χρηματοδότησης των ερευνητικών προτάσεων. Επίσης, ορίζονται οι διαδικασίες και τα όργανα ελέγχου, επιθεωρήσεων, επαληθεύσεων των δαπανών των δικαιούχων χρηματοδοτήσεων, καθώς και αναζήτησης των αχρεωστήτως καταβληθέντων ποσών.
- Με τον Εσωτερικό Κανονισμό Λειτουργίας καθορίζονται επίσης, οι διαδικασίες ανάθεσης συμβάσεων προμηθειών ή παροχής υπηρεσιών, καθώς και κάθε άλλο θέμα αναγκαίο για την εύρυθμη λειτουργία του Ιδρύματος και την εκπλήρωση του σκοπού του.