- Το Επιστημονικό Συμβούλιο (ΕΣ) του Ιδρύματος αποτελείται από εννέα (9) τακτικά μέλη, επιστήμονες διεθνούς κύρους, οι οποίοι προέρχονται από τους εξής τομείς: α) γεωπονικών επιστημών, β) φυσικών επιστημών, γ) μαθηματικών και επιστήμης της πληροφορίας, δ) κοινωνικών επιστημών, ε) ανθρωπιστικών επιστημών, στ) περιβάλλοντος και ενέργειας, ζ) ιατρικής και επιστημών υγείας, η) επιστημών μηχανικού και τεχνολογίας και θ) καινοτόμου επιχειρηματικότητας.
- Ως μέλη του ΕΣ εκλέγονται προσωπικότητες που έχουν διακριθεί για το διεθνές έργο και την εμπειρία τους στον αντίστοιχο ως άνω τομέα. Τα ειδικότερα προσόντα των μελών του ΕΣ καθορίζονται στον Εσωτερικό Κανονισμό Λειτουργίας και την πρόσκληση εκδήλωσης ενδιαφέροντος. Η ιδιότητα του μέλους του ΕΣ είναι ασυμβίβαστη με την ιδιότητα του μέλους του Υπουργικού Συμβουλίου, του Υφυπουργού, του Γενικού ή Ειδικού Γραμματέα Υπουργείου ή αυτοτελούς Γενικής Γραμματείας, του Βουλευτή, του Δημάρχου, του Περιφερειάρχη, του Αντιπεριφερειάρχη και του Αντιδημάρχου. Επίσης, η ιδιότητα του μέλους του ΕΣ είναι ασυμβίβαστη με αυτή του μέλους της ΓΣ, του Διευθυντή (και αναπληρωτή Διευθυντή) του Ιδρύματος. Σε περίπτωση που μέλος του ΕΣ υποβάλει αίτηση για χρηματοδότηση από το Ίδρυμα, ή είναι μέλος επιστημονικής ομάδας που έχει υποβάλει αίτηση, το μέλος αυτό απέχει από όλες τις συνεδριάσεις στις οποίες συζητούνται θέματα σχετικά με την αντίστοιχη προκήρυξη.
- Τα μέλη του ΕΣ του Ιδρύματος επιλέγονται ως εξής:
α. Η ΓΣ δημοσιεύει διεθνή πρόσκληση εκδήλωσης ενδιαφέροντος για την πλήρωση των ανωτέρω εννέα (9) θέσεων. Η πρόσκληση δημοσιεύεται στον διαδικτυακό τόπο του εποπτεύοντος Υπουργείου και της Γενικής Γραμματείας Έρευνας και Τεχνολογίας (ΓΓΕΤ).
β. Οι υποψηφιότητες υποβάλλονται από τους ενδιαφερομένους ηλεκτρονικά. Η ΓΣ ορίζει 9μελή Εισηγητική Επιτροπή εκ των μελών της, στην οποία εκπροσωπούνται οι 9 τομείς της παραγράφου 1. Σε περίπτωση που κάποιος τομέας δεν εκπροσωπείται στην ΓΣ, η ΓΣ ορίζει στην Εισηγητική Επιτροπή εξωτερικό μέλος με σημαντική διεθνή δραστηριότητα στον αντίστοιχο τομέα. Η επιτροπή αξιολογεί τις υποψηφιότητες και, εν συνεχεία, εισηγείται στην ΓΣ.
γ. Η ΓΣ με απλή πλειοψηφία εκλέγει τα μέλη του ΕΣ, ένα για κάθε τομέα που προβλέπονται στην παράγραφο 1. Η σχετική διαπιστωτική πράξη εκλογής των μελών του ΕΣ κοινοποιείται από τον Πρόεδρο της ΓΣ στον αρμόδιο Υπουργό, ο οποίος μπορεί να υποβάλει στη ΓΣ αιτιολογημένη ένσταση κατά της εκλογής συγκεκριμένου μέλους του ΕΣ. Η ΓΣ αποφαίνεται με απλή πλειοψηφία. Μετά την πάροδο δέκα (10) ημερών από την κοινοποίηση στον Υπουργό της ανωτέρω διαπιστωτικής πράξης ο διορισμός μέλους ΕΣ καθίσταται οριστικός.
- Η διάρκεια της θητείας των μελών του ΕΣ είναι τετραετής (4ετής). Η σύνθεσή του ανανεώνεται κατά τρόπο που να διασφαλίζεται η συνέχεια της λειτουργίας του. Ειδικότερα, κατά την πρώτη συγκρότηση του ΕΣ, τρία (3) από τα μέλη του διορίζονται για πλήρη θητεία, τρία (3) διορίζονται για τριετή (3ετή) θητεία και τρία (3) διορίζονται για διετή (2ετή) θητεία, με βάση το αποτέλεσμα κλήρωσης, που διενεργείται κατά την πρώτη συνεδρίαση του οργάνου.
- Τρεις (3) μήνες το αργότερο πριν από τη λήξη της θητείας κάθε μέλους, ο Πρόεδρος της ΓΣ προκηρύσσει πρόσκληση εκδήλωσης ενδιαφέροντος.
- Το ΕΣ, μετά τη συγκρότησή του σε σώμα, εκλέγει Πρόεδρο και Αντιπρόεδρο. Ο Πρόεδρος του ΕΣ εκλέγεται από τα μέλη του για τετραετή (4ετή) θητεία, η οποία δεν μπορεί να ανανεωθεί. Υποψήφιοι για τη θέση του Προέδρου μπορεί να είναι μόνο μέλη του ΕΣ, που η θητεία τους λήγει τουλάχιστον τρία (3) χρόνια μετά την ημερομηνία της εκλογής τους. Ο Πρόεδρος συγκαλεί το ΕΣ σε τακτική ή έκτακτη συνεδρίαση, καταρτίζει την ημερήσια διάταξη και διευθύνει τις εργασίες του. Τον Πρόεδρο απόντα ή κωλυόμενο αναπληρώνει ο Αντιπρόεδρος και σε περίπτωση κωλύματος ή απουσίας και αυτού από το αρχαιότερο μέλος του Συμβουλίου. Το ΕΣ βρίσκεται σε απαρτία όταν είναι παρόντα τουλάχιστον πέντε (5) μέλη του και αποφασίζει με απόλυτη πλειοψηφία των παρόντων. Σε περίπτωση ισοψηφίας υπερισχύει η ψήφος του Προέδρου.
- Μέλος του ΕΣ του Ιδρύματος μπορεί κατά τη διάρκεια της θητείας του να παυθεί από τα καθήκοντά του με απόφαση της Γενικής Συνέλευσης, λόγω βαριάς παράβασης των καθηκόντων του ή εάν αποκτήσει ιδιότητα ή ασκήσει δραστηριότητες ασυμβίβαστες, σύμφωνα με τις διατάξεις του παρόντος, με την ιδιότητα μέλους του ΕΣ. Η ΓΣ επιλαμβάνεται ύστερα από αναφορά του Προέδρου ή μέλους της. Σε περίπτωση που η ΓΣ παραλείπει να λάβει απόφαση, το μέλος του ΕΣ μπορεί να παυθεί με απόφαση του εποπτεύοντος Υπουργού.
- Εφόσον κάποιο μέλος του ΕΣ παραιτηθεί, ελλείψει ή με οποιονδήποτε άλλο τρόπο παύσει η θητεία του, αντικαθίσταται προσωρινά από μέλος το οποίο επιλέγεται από το ΕΣ, με απλή πλειοψηφία των μελών του, ύστερα από δημοσίευση σχετικής πρόσκλησης εκδήλωσης ενδιαφέροντος. Στη συνεδρίαση της ΓΣ που θα πραγματοποιηθεί μετά την εκλογή του προσωρινού μέλους, η ΓΣ είτε θα επικυρώσει την εκλογή του μέλους αυτού για το υπόλοιπο της εν λόγω θητείας, είτε θα την απορρίψει. Στην τελευταία αυτή περίπτωση, συγχρόνως θα δημοσιεύσει σχετική πρόκληση εκδήλωσης ενδιαφέροντος.
- Το Επιστημονικό Συμβούλιο έχει ιδίως τις ακόλουθες αρμοδιότητες:
α. Την εξυπηρέτηση των σκοπών του Ιδρύματος, με βάση την εθνική πολιτική για την έρευνα και την καινοτομία.
β. Την αποδοχή δωρεών και των πάσης φύσεως χρηματοδοτήσεων.
γ. Την έγκριση διαδικασιών και κριτηρίων επιλογής δικαιούχων ερευνητικών έργων και προγραμμάτων, με βάση τις αρχές της εξαιρετικής επιστημονικής επίδοσης, της αξιοκρατίας και της διαφάνειας.
δ. Την συγκρότηση επιτροπών κρίσεων για την αξιολόγηση των προτάσεων και την επιλογή των τελικών δικαιούχων.
ε. Την επιλογή του Διευθυντή και των Αναπληρωτών Διευθυντών.
στ. Την έγκριση του προϋπολογισμού του Ιδρύματος, ύστερα από εισήγηση του Διευθυντή.
ζ. Την εισήγηση προς τη ΓΣ για συνεργασίες και συμπράξεις του Ιδρύματος με φορείς του δημόσιου και ιδιωτικού τομέα, της ημεδαπής και της αλλοδαπής.
η. Την έγκριση της ετήσιας έκθεσης (οικονομικό απολογισμό και απολογισμό δράσεων) του Ιδρύματος, η οποία καταρτίζεται από τον Διευθυντή.
θ. Την υποβολή πρότασης προς τον εποπτεύοντα Υπουργό για τροποποίηση του Εσωτερικού Κανονισμού Λειτουργίας.
- Το ΕΣ είναι αρμόδιο για κάθε ζήτημα που αφορά τη διοίκηση του Ιδρύματος, το οποίο δεν ανατίθεται στην ΓΣ ή στον Διευθυντή.
12. Με απόφαση του ΕΣ συγκροτείται επταμελής Συμβουλευτική Επιτροπή, η οποία είναι ανεξάρτητη προς τα όργανα διοίκησης του Ιδρύματος και απαρτίζεται από διακεκριμένους επιστήμονες ή εκπροσώπους του επιχειρηματικού κόσμου της ημεδαπής ή της αλλοδαπής. Η Συμβουλευτική Επιτροπή έχει ως σκοπό την αξιολόγηση της δράσης του Ιδρύματος και τη διατύπωση προτάσεων με σκοπό τη βελτιστοποίηση της λειτουργίας του. Η Συμβουλευτική Επιτροπή εξετάζει θέματα ιδιαίτερης βαρύτητας ή θέματα που παρουσιάζουν ειδικότερο ενδιαφέρον σχετικά με τη λειτουργία του Ιδρύματος και τη χρηματοδότηση της έρευνας και της καινοτομίας. Η εξέταση των θεμάτων γίνεται είτε μετά από αίτηση του Επιστημονικού Συμβουλίου είτε με πρόταση μελών της Συμβουλευτικής Επιτροπής. Η Συμβουλευτική Επιτροπή εκδίδει γνωμοδοτήσεις, προτάσεις και κείμενα εργασίας.