- Η οικονομική λειτουργία του Ιδρύματος και η εκ μέρους του χρηματοδότηση των ερευνητικών προγραμμάτων πραγματοποιείται με βάση τις αρχές της εξαιρετικής ακαδημαϊκής επίδοσης, της διαφάνειας, της αξιοκρατίας και της χρηστής οικονομικής διαχείρισης.
- Το Ίδρυμα τηρεί όλα τα απαραίτητα παραστατικά και δικαιολογητικά τα οποία και θέτει στην διάθεση των αρμόδιων οργάνων, όποτε ζητηθούν. Το Ίδρυμα προβαίνει στην τεκμηρίωση κάθε δαπάνης εφ’ όσον του ζητηθεί από το εποπτεύον Υπουργείο και τα αρμόδια εθνικά ελεγκτικά όργανα.
- Οι δικαιούχοι των χρηματοδοτήσεων υποχρεούνται να παρέχουν στο Ίδρυμα κάθε πληροφορία αναγκαία για την παρακολούθηση, να αποδέχονται όλους τους προβλεπόμενους από τον Εσωτερικό Κανονισμό Λειτουργίας του ελέγχους, επαληθεύσεις και επιθεωρήσεις και να παρέχουν στα αρμόδια όργανα του Ιδρύματος όλα τα αναγκαία στοιχεία για την απρόσκοπτη εκτέλεση του έργου τους.
- Οι επαληθεύσεις, επιθεωρήσεις και οι έλεγχοι των χρηματοδοτηθέντων προγραμμάτων πραγματοποιούνται καθ’ όλη τη διάρκεια της λειτουργίας του Ιδρύματος, προκειμένου να παρακολουθούνται οι πραγματοποιούμενες δράσεις και επενδύσεις και να διασφαλίζεται ότι τα διατιθέμενα από το Ίδρυμα ποσά επενδύονται σύμφωνα με τους στόχους και τα προβλεπόμενα στον παρόντα νόμο, και τις αποφάσεις των οργάνων του Ιδρύματος.
- Η διαχειριστική χρήση του Ιδρύματος αρχίζει την 1η Ιανουαρίου κάθε έτους και τελειώνει την 31η Δεκεμβρίου κάθε έτους.
- Το Ίδρυμα συντάσσει ετήσια έκθεση, η οποία περιλαμβάνει τον οικονομικό απολογισμό και τον απολογισμό πεπραγμένων του Ιδρύματος, η οποία δημοσιεύεται στον επίσημο διαδικτυακό του τόπο..Ο οικονομικός απολογισμός περιλαμβάνει ισολογισμό, κατάσταση αποτελεσμάτων χρήσης και τις χρηματοροές του Ιδρύματος.
- Ο τακτικός έλεγχος της οικονομικής διαχείρισης του Ιδρύματος είναι ετήσιος ασκείται από δύο ορκωτούς λογιστές που ορίζονται με ισάριθμους αναπληρωτές με απόφαση του εποπτεύοντος Υπουργού και ελέγχουν τη νομιμότητα της οικονομικής διαχείρισης βάσει των στοιχείων που περιλαμβάνονται στην ετήσια έκθεση. Με απόφαση του εποπτεύοντος Υπουργού μπορεί να διατάσσεται οποτεδήποτε έκτακτος έλεγχος, ο οποίος διενεργείται σύμφωνα με τις κείμενες διατάξεις.