1. Ο Ε.Λ.Κ.Ε. καταρτίζει και υποβάλλει στη ΓΔΟΥ του Υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων, σχέδιο του συνοπτικού προϋπολογισμού του για το επόμενο έτος μέχρι την 31η Ιουλίου.
2. Αν το σχέδιο του συνοπτικού προϋπολογισμού του Ε.Λ.Κ.Ε., που υποβάλλεται δεν είναι συμβατό με το δεσμευτικό στόχο και το επιδιωκόμενο αποτέλεσμα που περιλαμβάνονται στις εγκυκλίους του Γενικού Λογιστηρίου του Κράτους ή του αντίστοιχου εποπτεύοντος Υπουργείου, η ΓΔΟΥ του εποπτεύοντος Υπουργείου παρέχει οδηγίες για τη διόρθωση του σχεδίου του συνοπτικού προϋπολογισμού και το επιστρέφει μαζί με τις οδηγίες. Ακολούθως, ο Ε.Λ.Κ.Ε. διορθώνει, σύμφωνα με τις οδηγίες και υποβάλλει αναθεωρημένο σχέδιο στη ΓΔΟΥ του εποπτεύοντος Υπουργείου μέσα στην προθεσμία που προβλέπεται στις οδηγίες.
3. Οι αναλυτικοί προϋπολογισμοί των Ε.Λ.Κ.Ε. καταρτίζονται από την Επιτροπή Ερευνών, εγκρίνονται από τη Σύγκλητο και υποβάλλονται προς έγκριση στον Υπουργό Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων, εφόσον είναι συνεπείς με τα σχέδια των συνοπτικών προϋπολογισμών που διαμορφώθηκαν σύμφωνα με την παρ. 2, έως την 31η Δεκεμβρίου του προηγούμενου από το έτος προϋπολογισμού μετά από εισήγηση του οικείου Γενικού Διευθυντή Οικονομικών Υπηρεσιών του Υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων ως προς την συνέπεια με το σχέδιο των συνοπτικών προϋπολογισμών.
4. Ο αρχικός συνολικός εγκεκριμένος προϋπολογισμός κάθε Ε.Λ.Κ.Ε. δύναται να αναμορφώνεται, κατά την διάρκεια του έτους, με απόφαση της Επιτροπής, κατόπιν σύμφωνης γνώμης του Π.Ο.Υ. του οικείου Ε.Λ.Κ.Ε. και με την προϋπόθεση τήρησης και διασφάλισης της δημοσιονομικής ουδετερότητας του προϋπολογισμού κάθε έργου. Ο Ε.Λ.Κ.Ε. ενημερώνει τον Γ.Δ.Ο.Υ. του Υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων για κάθε αναμόρφωση του συνολικού προϋπολογισμού.
5. Τυχόν απόκλιση του εγκεκριμένου αποτελέσματος του προϋπολογισμού από την αντίστοιχη αναμόρφωση, υπό την προϋπόθεσης τήρησης δημοσιονομικής ουδετερότητας, δεν αποτελεί λόγο επιβολής κυρώσεων. Η δημοσιονομική ουδετερότητα επιτυγχάνεται με ισόποση αναμόρφωση των εσόδων του προϋπολογισμού των έργων εντός του ιδίου έτους που εκτελείται ο προϋπολογισμός ή στο αμέσως επόμενο, της εκτέλεσης του προϋπολογισμού, οικονομικό έτος, σε περιπτώσεις αναμόρφωσης των δαπανών των έργων του Ε.Λ.Κ.Ε..