1. Με τον προϋπολογισμό του Ε.Λ.Κ.Ε. κάθε οικονομικό έτος προσδιορίζονται τα έσοδα και καθορίζονται τα όρια των δαπανών κάθε Ε.Λ.Κ.Ε.. Στον προϋπολογισμό περιλαμβάνονται τα προβλεπόμενα για το επόμενο οικονομικό έτος έσοδα και έξοδα, χαρακτηριζόμενα από συναλλαγές μη χρηματοοικονομικής και χρηματοοικονομικής φύσεως.
2. Οικονομικό έτος είναι η χρονική περίοδος, που περιλαμβάνει τις διοικητικές και οικονομικές πράξεις, οι οποίες σχετίζονται με τη διαχείριση του προϋπολογισμού και της περιουσίας κάθε Ε.Λ.Κ.Ε.. Το οικονομικό έτος αρχίζει την 1η Ιανουαρίου και λήγει την 31η Δεκεμβρίου του ιδίου ημερολογιακού έτους.
3. Κατά τη κατάρτιση του προϋπολογισμού των Ε.Λ.Κ.Ε., ως έσοδα ορίζονται, ανεξαρτήτως του έτους που δημιουργήθηκαν, οι προβλέψεις απαιτήσεων αποκλειστικά για το επόμενο οικονομικό έτος με την προϋπόθεση προβλεπόμενης είσπραξης στο οικονομικό έτος που αναφέρεται ο προϋπολογισμός.
4. Στα έσοδα αναγνωρίζονται οι απαιτήσεις, οι οποίες, κατά την διάρκεια του οικονομικού έτους που αναφέρεται ο προϋπολογισμός, λογίζονται βάσει παραστατικών και στοιχείων, ασχέτως της χρονικής περιόδου που αυτές δημιουργήθηκαν. Οι απαιτήσεις καθίστανται απαιτητές κατά την ημερομηνία λογιστικοποίησής τους στους αντίστοιχους λογαριασμούς χρεωστών-πελατών της κατάστασης οικονομικής θέσης των Ε.Λ.Κ.Ε.. Στον προϋπολογισμό και στις δημοσιονομικές αναφορές, ως έσοδα λογίζονται οι πωλήσεις των παγίων περιουσιακών στοιχείων.
5. Ως έξοδα του προϋπολογισμού των Ε.Λ.Κ.Ε. ορίζονται οι προβλέψεις υποχρεώσεων αποκλειστικά του επόμενου οικονομικού έτους οι οποίες πρόκειται να εξοφληθούν εντός του ιδίου έτους που αναφέρεται ο προϋπολογισμός.
6. Έξοδα του προϋπολογισμού αναγνωρίζονται οι υποχρεώσεις οι οποίες κατά την διάρκεια του οικονομικού έτους στον οποίο αναφέρεται ο προϋπολογισμός, λογίζονται βάσει σχετικού παραστατικού, τιμολογίου ή ισότιμου τίτλου, σε βάρος του αναλυτικού ορίου δαπανών του προϋπολογισμού των Ε.Λ.Κ.Ε., ανεξαρτήτως του χρόνου που δημιουργήθηκαν. Για τις ανάγκες του προϋπολογισμού και των δημοσιονομικών αναφορών, ως έξοδα λογίζονται οι αγορές παγίων περιουσιακών στοιχείων και οι αγορές αναλώσιμων υλικών.
7. Τα έσοδα και τα έξοδα εγγράφονται και εμφανίζονται σε έναν ενιαίο προϋπολογισμό του Ε.Λ.Κ.Ε.. Τα έσοδα και οι δαπάνες του προϋπολογισμού δεν δύνανται να πραγματοποιηθούν παρά μόνο αν αντιστοιχούν στον προϋπολογισμό τους κάτω από την σχετική ταξινόμηση των λογαριασμών (αρχή ενότητας). Καμία δαπάνη δεν δύναται να αναληφθεί ή και να πραγματοποιηθεί, αν υπερβαίνει, τα εγκεκριμένα κατά κατηγορία όρια δαπανών, του προϋπολογισμού τους (αρχή της καθολικότητας).
8. Ο συνοπτικός προϋπολογισμός του Ε.Λ.Κ.Ε. περιλαμβάνει διακριτά τα προβλεπόμενα μη χρηματοοικονομικά έσοδα και έξοδα καθώς και τα χρηματοοικονομικά έσοδα και έξοδα σε κύριες κατηγορίες. Η προκύπτουσα διαφορά μεταξύ των προβλεπόμενων μη χρηματοοικονομικών εσόδων και εξόδων διαμορφώνει το προβλεπόμενο δημοσιονομικό αποτέλεσμα.
9. Αναλυτικός προϋπολογισμός του Ε.Λ.Κ.Ε. είναι η αναλυτική πρόβλεψη, μέχρι τέταρτο βαθμό ανάλυσης, των εσόδων και εξόδων για το επόμενο οικονομικό έτος. Στον αναλυτικό προϋπολογισμό περιλαμβάνονται τα μη χρηματοοικονομικής και χρηματοοικονομικής φύσεως έσοδα και τα μη χρηματοοικονομικής και χρηματοοικονομικής φύσεως έξοδα.
10. Η ταξινόμηση της κατηγορίας των εσόδων και εξόδων, σύμφωνα με τα ανωτέρω, περιλαμβάνει την υποχρεωτική ανάπτυξη των λογαριασμών από τον πρώτο έως τη δυνατότητα ανάπτυξης τετάρτου βαθμού. Η ταξινόμηση επιτρέπει την συμβατότητα με τους λογαριασμούς ΕΣΟΛ 2010 και τη σύγκριση των μεγεθών και του αποτελέσματος των προϋπολογισμών σε επίπεδο Γενικής Κυβέρνησης.
11. Τα έσοδα και τα έξοδα του προϋπολογισμού του Ε.Λ.Κ.Ε., όπως ορίζονται στις παρ. 4, 5, 6 και 7 λογίζονται, εισπράττονται, εξοφλούνται και διαγράφονται σύμφωνα με την διαδικασία που προβλέπουν τα ΕΛΠ. Οι εκπτώσεις στα έσοδα και τα έξοδα λογίζονται, επίσης, σύμφωνα με τα ΕΛΠ.
12. Ο χρόνος πραγματοποίησης της πληρωμής των υποχρεώσεων του Ε.Λ.Κ.Ε. λαμβάνει χώρα στο ίδιο ή σε επόμενο οικονομικό έτος του προϋπολογισμού. Αν πραγματοποιηθούν σε επόμενο οικονομικό έτος του προϋπολογισμού, δεν λογίζονται στο δημοσιονομικό αποτέλεσμα εκτέλεσης του προϋπολογισμού.
13. Μέσω των λογιστικών και πληροφοριακών συστημάτων πραγματοποιείται η παρακολούθηση του προϋπολογισμού, η ανάληψη υποχρέωσης, η δέσμευση των κονδυλίων των προϋπολογισμών, η παρακολούθηση των υποχρεώσεων και η εξόφλησή τους (Μητρώο δεσμεύσεων). To πληροφοριακό σύστημα είναι προσαρμοσμένο έτσι ώστε να παρακολουθείται το όριο δαπανών του εγκεκριμένου προϋπολογισμού και των δεσμεύσεων που αναλαμβάνονται επ’ αυτού. Στο πληροφοριακό σύστημα τηρούνται κατ’ ελάχιστον σε ιδιαίτερες στήλες ο εγκεκριμένος αναλυτικός προϋπολογισμός, η αναμόρφωση του εγκεκριμένου αναλυτικού προϋπολογισμού, η διαμόρφωση του, η ανειλημμένη δέσμευση, η υπολειπόμενη προς διάθεση δαπάνη, το ποσό της υποχρέωσης βάσει τιμολόγιου ή ισοδυνάμου εγγράφου, το ποσό της πληρωμής κάθε υποχρέωσης, οι απλήρωτες υποχρεώσεις και οι εκκρεμείς δεσμεύσεις.
14. Κάθε μήνα, οι Ε.Λ.Κ.Ε. υποβάλουν στο Υπουργείο Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων τις δημοσιονομικές αναφορές με απολογιστικά στοιχεία των δαπανών και των εσόδων σε δεδουλευμένη βάση, όπως ορίζονται στις παρ. 4, 5, 6 και 7 και το προκύπτον δημοσιονομικό αποτέλεσμα.
15. Ο απολογισμός της εκτέλεσης του προϋπολογισμού του Ε.Λ.Κ.Ε. καταρτίζεται σε συνοπτικό και αναλυτικό επίπεδο. Η κατάσταση του απολογισμού εξόδων περιλαμβάνει τον προϋπολογισμό, την τελική διαμόρφωση του, τις ετήσιες συνολικές δεσμεύσεις, τα έξοδα που έχουν λογισθεί στο έτος, τα έξοδα που έχουν εξοφληθεί καθώς και τα απλήρωτα έξοδα. Στον απολογισμό των εσόδων περιλαμβάνεται ο προϋπολογισμός, η τελική διαμόρφωση, έσοδα που έχουν λογισθεί, τα έσοδα που έχουν εισπραχθεί και τα ανείσπρακτα έσοδα.
16. Μετά το κλείσιμο κάθε οικονομικής χρήσης και έως την 30η Ιουνίου, ο Ε.Λ.Κ.Ε. με ευθύνη του ΠΟΥ, αποστέλλει στο Υπουργείο Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων τον εγκεκριμένο απολογισμό της εκτέλεσης του προϋπολογισμού καθώς και τις προβλεπόμενες, σύμφωνα με τους λογιστικούς κανόνες, χρηματοοικονομικές καταστάσεις της χρήσης.
17. Μέρος του συνολικού προϋπολογισμού του Ε.Λ.Κ.Ε. αποτελεί ο προϋπολογισμός κάθε έργου/ προγράμματος που διαχειρίζεται ο Ε.Λ.Κ.Ε.. Ο προϋπολογισμός κάθε έργου/ προγράμματος είναι αυτοτελής και διακριτός έναντι των προϋπολογισμών των λοιπών έργων και αφορά όλη τη διάρκεια του έργου, το οποίο μπορεί να εκτείνεται και πέραν του έτους. Συντάσσεται σύμφωνα με την παρ. 9 του παρόντος άρθρου, είναι δημοσιονομικά ουδέτερος.
18. Για κάθε έργο η αναλαμβανόμενη οικονομική υποχρέωση, ανεξαρτήτως ποσού, εκτελείται εντός των ορίων του εγκεκριμένου προϋπολογισμού ανά κατηγορία δαπάνης. Κάθε πληρωμή ελέγχεται και παρακολουθείται με βάση τον εγκεκριμένο προϋπολογισμό κάθε έργου. Απαγορεύεται οποιαδήποτε πληρωμή καθ’ υπέρβαση του συνολικού προϋπολογισμού του κάθε έργου. Πληρωμή που πραγματοποιείται καθ’ υπέρβαση του συνολικού εγκεκριμένου προϋπολογισμού του κάθε έργου είναι αυτοδίκαια και απόλυτα άκυρη και ο διατάκτης, ο Προϊστάμενος Οικονομικών Υπηρεσιών του Ε.Λ.Κ.Ε. και κάθε άλλο συμπράττον όργανο ευθύνονται ατομικά, αλληλέγγυα και εις ολόκληρο για τη ζημία του Ε.Λ.Κ.Ε..
19. Ο εγκεκριμένος προϋπολογισμός κάθε έργου δύναται να αναμορφώνεται με αιτιολογημένο αίτημα του Επιστημονικού Υπευθύνου και απόφαση της Επιτροπής Ερευνών κατόπιν σύμφωνης γνώμης του ΠΟΥ και έγγραφης συμφωνίας του φορέα χρηματοδότησης, όπου αυτή απαιτείται.