1. Στον Ε.Λ.Κ.Ε. αποδίδεται διαφορετικός, από το οικείο Α.Ε.Ι., αριθμός φορολογικού μητρώου (ΑΦΜ).
2. Ο Ε.Λ.Κ.Ε. λειτουργεί εσωτερικά συστήματα, διαδικασίες και μηχανισμούς παρακολούθησης της εκτέλεσης των προϋπολογισμών των έργων που διαχειρίζεται, βάσει των αρχών της διαφάνειας και της χρηστής διαχείρισης.
3. Η τήρηση των λογιστικών βιβλίων και η σύνταξη των προβλεπόμενων χρηματο-οικονομικών καταστάσεων γίνεται σύμφωνα με το ν. 4308/2014.
4. α) Οι Ε.Λ.Κ.Ε. διατηρούν λογαριασμούς στην Τράπεζα της Ελλάδος και σε πιστωτικά ιδρύματα με τίτλο «Ε.Λ.Κ.Ε./ονομασία Α.Ε.Ι.». Οι πόροι των Ε.Λ.Κ.Ε. κατατίθενται σε αυτούς και διατίθενται με εντολές του Προέδρου ή άλλου εξουσιοδοτημένου μέλους της Επιτροπής Ερευνών, ύστερα από απόφαση της Επιτροπής Ερευνών.
β) Με απόφαση της Επιτροπής Ερευνών μεταφέρεται μέρος των ταμειακών τους διαθεσίμων από τα πιστωτικά ιδρύματα στην Τράπεζα της Ελλάδος (ΤτΕ), σε λογαριασμούς ταμειακής διαχείρισης και η διαχείρισή τους ενεργείται από την ΤτΕ και τον ΟΔΔΗΧ, σύμφωνα με τον Α.Ν. 1611/1950, όπως ισχύει, το άρθρο 15, παρ. 11 του ν. 2469/1997, όπως ισχύει και την από 20/4/2015 ΠΝΠ, όπως κυρώθηκε με το ν. 4323/2015. Η απόφαση της Επιτροπής Ερευνών αιτιολογείται σύμφωνα με τις ανάγκες των έργων/προγραμμάτων που διαχειρίζεται ο οικείος Ε.Λ.Κ.Ε..
γ) Με απόφαση του Υπουργού Οικονομικών ορίζεται η διαδικασία και οι σχετικές λεπτομέρειες για την ανά μήνα ή δεκαπενθήμερο μεταφορά χρηματικών διαθεσίμων από την Τράπεζα της Ελλάδας σε πιστωτικά ίδρυμα, βάσει αντίστοιχου μηνιαίου ή δεκαπενθήμερου προγραμματισμού πληρωμών του Ε.Λ.Κ.Ε. για τη διενέργεια αυτών με ηλεκτρονικό τρόπο. Έως την έναρξη ισχύος της Υπουργικής Απόφασης, η Επιτροπή Ερευνών αποφασίζει για τον τρόπο διαχείρισης των ταμειακών διαθεσίμων του Ε.Λ.Κ.Ε. και το ποσοστό μεταφοράς στην ΤτΕ.
5. Ποσοστό μέχρι 25% του συνολικού προϋπολογισμού των έργων που χρηματοδοτούνται και διαχειρίζονται μέσω του Ε.Λ.Κ.Ε. και από οποιονδήποτε πόρο του, όπως το ποσοστό αυτό καθορίζεται από την Επιτροπή, την απόφαση ή τη σύμβαση χρηματοδότησης του έργου και στο πλαίσιο που θέτουν οι φορείς χρηματοδότησης και ο Οδηγός Χρηματοδότησης και Διαχείρισης, κρατείται για έξοδα λειτουργίας του Ε.Λ.Κ.Ε. και το λειτουργικό κόστος του Α.Ε.Ι. και αποτελεί έσοδο του Ε.Λ.Κ.Ε..
6. α) Το ποσοστό των ετήσιων εσόδων των περιπτ. δ΄, ε΄, ζ΄, η΄ και θ΄ της παρ. 1 του άρθρου 49 που μεταβιβάζεται από τον Ε.Λ.Κ.Ε. στον τακτικό προϋπολογισμό του Α.Ε.Ι., ύστερα από εισήγηση της Επιτροπής Ερευνών και απόφαση της Συγκλήτου, δεν μπορεί να υπολείπεται του τριάντα τοις εκατό (30%) του συνόλου των εσόδων αυτών.
β) Σε περίπτωση μη απορρόφησης του ποσού που διατίθεται για τις υποχρεώσεις του τακτικού προϋπολογισμού του Α.Ε.Ι., το μη απορροφηθέν ποσό μπορεί να αναλαμβάνεται στον προϋπολογισμό του Α.Ε.Ι. του αμέσως επόμενου οικονομικού έτους για εξόφληση δαπανών σε βάρος ταμειακών διαθεσίμων.
γ) Το υπολειπόμενο ποσοστό των ετήσιων εσόδων του Ε.Λ.Κ.Ε., μετά την αφαίρεση του ποσού της περίπτ. α΄, κατανέμεται με απόφαση της Συγκλήτου ύστερα από εισήγηση της Επιτροπής Ερευνών, στον Ε.Λ.Κ.Ε. και την Εταιρεία Αξιοποίησης και Διαχείρισης της Περιουσίας του Α.Ε.Ι., για να αναληφθούν δαπάνες σε βάρος προϋπολογισμού σε έργο ή έργα που δύνανται να εκτείνονται και πέραν του έτους, για την επίτευξη των εκπαιδευτικών, ερευνητικών και αναπτυξιακών στόχων του Α.Ε.Ι., για την κάλυψη λειτουργικών αναγκών του Ε.Λ.Κ.Ε. και του Α.Ε.Ι. (φύλαξη, καθαριότητα, συντήρηση εξοπλισμού κλπ.), για τις ανάγκες της ίδιας περιουσίας ή υποστήριξης περιουσιακών στοιχείων του Α.Ε.Ι..
δ) Υπόλοιπο ταμειακών διαθεσίμων των έργων/προγραμμάτων που εκτείνονται πέραν του έτους και δεν έχουν χρησιμοποιηθεί στο τέλος του οικονομικού έτους επανεγγράφονται στο επόμενο οικονομικό έτος, με απόφαση της Επιτροπής Ερευνών του Ε.Λ.Κ.Ε. η οποία κοινοποιείται στον ΓΔΟΥ του Υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων.
7. Τα περιουσιακά ταμειακά διαθέσιμα του Ε.Λ.Κ.Ε., ύστερα από εισήγηση της Επιτροπής και απόφαση της Συγκλήτου του Α.Ε.Ι., μπορούν να χρησιμοποιούνται για να αναλαμβάνονται υποχρεώσεις σε βάρος του προϋπολογισμού έργων /προγραμμάτων του Ε.Λ.Κ.Ε. για δαπάνες για κτηριακές υποδομές του Α.Ε.Ι., για αγορά και συντήρηση ερευνητικού και εκπαιδευτικού εξοπλισμού, για ταμειακές διευκολύνσεις των εκτελούμενων έργων/προγραμμάτων, για αυξήσεις μετοχικού κεφαλαίου εταιρειών που ανήκουν κατά πλειοψηφία στο οικείο Α.Ε.Ι., για κάλυψη δημοσιονομικών διορθώσεων, νόμιμων και μη επιλέξιμων δαπανών και για εκτέλεση δικαστικών αποφάσεων και δαπανών. Ποσοστό έως 5% των αποθεματικών, ύστερα από εισήγηση της Επιτροπής και απόφαση της Συγκλήτου του Α.Ε.Ι., μπορούν να χρησιμοποιούνται για να αναλαμβάνονται δαπάνες σε βάρος του προϋπολογισμού έργων/προγραμμάτων του Ε.Λ.Κ.Ε. για δαπάνες υποτροφιών και ερευνητικών/εκπαιδευτικών προγραμμάτων νέων επιστημόνων.