1. Αρμόδια όργανα για την ίδρυση, οργάνωση και λειτουργία των Π.Μ.Σ. και την οργάνωση των διδακτορικών σπουδών είναι:
α) η Σύγκλητος του Ιδρύματος,
β) η Συνέλευση του Τμήματος ή η Ειδική Διατμηματική Επιτροπή σε περίπτωση διατμηματικού Π.Μ.Σ. και η Ειδική Διιδρυματική Επιτροπή σε περίπτωση διιδρυματικού Π.Μ.Σ., σύμφωνα με το άρθρο 43,
γ) η Συντονιστική Επιτροπή (Σ.Ε.) του Π.Μ.Σ. και
δ) ο Διευθυντής του Π.Μ.Σ.
2. Η Σύγκλητος είναι το αρμόδιο όργανο για τα θέματα ακαδημαϊκού, διοικητικού, οργανωτικού και οικονομικού χαρακτήρα των Π.Μ.Σ. Επίσης, η Σύγκλητος ασκεί όσες αρμοδιότητες σχετικά με τα Π.Μ.Σ. δεν ανατίθενται από το νόμο ειδικώς σε άλλα όργανα.
3. Η Συνέλευση του οικείου Τμήματος ασκεί τις ακόλουθες αρμοδιότητες:
α) εισηγείται στη Σύγκλητο δια της Κοσμητείας για την αναγκαιότητα ίδρυσης Π.Μ.Σ., σύμφωνα με το άρθρο 32,
β) ορίζει τα μέλη των Σ.Ε.,
γ) κατανέμει το διδακτικό έργο μεταξύ των διδασκόντων του Π.Μ.Σ.,
δ) συγκροτεί επιτροπές επιλογής ή εξέτασης των υποψήφιων μεταπτυχιακών φοιτητών ή διδακτόρων,
ε) διαπιστώνει την επιτυχή ολοκλήρωση της φοίτησης προκειμένου να απονεμηθεί το Δ.Μ.Σ. και
στ) ασκεί κάθε άλλη αρμοδιότητα που προβλέπεται από τις διατάξεις του παρόντος Κεφαλαίου.
4. Σε περίπτωση διατμηματικού ή διιδρυματικού Π.Μ.Σ., ή σε περίπτωση εκπόνησης διδακτορικών διατριβών με συνεπίβλεψη, τις αρμοδιότητες της Συνέλευσης του Τμήματος ασκεί η Ειδική Διατμηματική ή Διιδρυματική Επιτροπή (Ε.Δ.Ε.), οι οποίες συγκροτούνται από καθηγητές των συνεργαζόμενων Τμημάτων που εκλέγονται από τη Συνέλευση κάθε Τμήματος, ερευνητές που υποδεικνύονται από τον τυχόν συνεργαζόμενο ερευνητικό φορέα, κατ’ αναλογία του αριθμού των διδασκόντων τους στο Π.Μ.Σ. για διετή θητεία, καθώς και δύο εκπροσώπους των φοιτητών του μεταπτυχιακού προγράμματος, που εκλέγονται από τους φοιτητές του οικείου μεταπτυχιακού προγράμματος, για ετήσια θητεία. Η Ειδική Διατμηματική Επιτροπή είναι επταμελής και η Ειδική Διιδρυματική Επιτροπή είναι εννεαμελής. Ο Πρόεδρός της, όπως και ο Διευθυντής του Προγράμματος, προέρχονται από το Τμήμα που έχει τη διοικητική στήριξη του προγράμματος και σε περίπτωση συνεργασίας αυτοδύναμων και μη αυτοδύναμων Τμημάτων ή άλλων ερευνητικών φορέων, από το αυτοδύναμο Τμήμα. Στο Ειδικό Πρωτόκολλο Συνεργασίας που προβλέπεται στο άρθρο 43 ρυθμίζονται τα ειδικότερα θέματα εκλογής, συγκρότησης και λειτουργίας των συλλογικών οργάνων της παρούσας παραγράφου.
5. Η Συντονιστική Επιτροπή (Σ.Ε.) του Π.Μ.Σ. απαρτίζεται από πέντε (5) καθηγητές του Τμήματος, οι οποίοι έχουν αναλάβει μεταπτυχιακό έργο και εκλέγονται από τη Συνέλευση του Τμήματος για διετή θητεία. Η θητεία του Προέδρου της Σ.Ε. μπορεί να ανανεωθεί μία φορά. Η Σ.Ε. είναι αρμόδια για την παρακολούθηση και το συντονισμό της λειτουργίας του προγράμματος.
6. Ο Διευθυντής κάθε Π.Μ.Σ. είναι μέλος της Σ.Ε. και εκλέγεται μαζί με τον Αναπληρωτή του, με απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος για διετή θητεία. Προεδρεύει της Σ.Ε., είναι καθηγητής πρώτης βαθμίδας ή αναπληρωτής καθηγητής, είναι του ιδίου ή συναφούς γνωστικού αντικειμένου με το γνωστικό αντικείμενο του Π.Μ.Σ. και ασκεί τα καθήκοντα που ορίζονται στο παρόν Κεφάλαιο και στο Γενικό Κανονισμό Μεταπτυχιακών και Διδακτορικών Σπουδών. Ο Διευθυντής του Π.Μ.Σ. εισηγείται στα αρμόδια όργανα του Ιδρύματος για κάθε θέμα που αφορά στην αποτελεσματική λειτουργία του προγράμματος. Ο Διευθυντής δεν μπορεί να έχει περισσότερες από δύο (2) συνεχόμενες θητείες, δεν δικαιούται επιπλέον αμοιβή για το διοικητικό του έργο ως Διευθυντής και δεν μπορεί να ασκεί παράλληλα άλλα διοικητικά καθήκοντα στο οικείο Ίδρυμα.