Η διαδικασία της πραγματοποίησης δαπανών του προϋπολογισμού του Ν.Π.Ι.Δ. από το οικείο Τμήμα ακολουθεί τα παρακάτω στάδια:
1. Ανάληψη υποχρέωσης για την πραγματοποίηση της δαπάνης:
Ανάληψη Υποχρέωσης (ή Ανάληψη Δαπάνης) είναι η πράξη με την οποία γεννάται η βεβαιώνεται υποχρέωση του Ν.Π.Ι.Δ. έναντι τρίτων. Πριν από κάθε ενέργεια για την εκτέλεση οποιασδήποτε δαπάνης, απαιτείται σχετική απόφαση ανάληψης υποχρέωσης του Προέδρου του Δ.Σ. ή του οργάνου που έχει εξουσιοδοτηθεί με την οποία και εγκρίνεται η πραγματοποίηση της δαπάνης
2. Εκκαθάριση της δαπάνης:
α) οι δαπάνες του Ν.Π.Ι.Δ. ελέγχονται και εκκαθαρίζονται από το οικείο Τμήμα βάσει νομίμων δικαιολογητικών, τα οποία αποδεικνύουν την απαίτηση κατά του Ν.Π.Ι.Δ.,
β) όταν κατά τον έλεγχο των προβλεπόμενων δικαιολογητικών διαπιστώνονται θεραπεύσιμες ελλείψεις, ζητούνται αυτά προς συμπλήρωση από την αρμόδια υπηρεσία,
γ) τον έλεγχο ακολουθεί πράξη εκκαθάρισης, η οποία εμφανίζει ολογράφως και αριθμητικώς το εκκαθαριζόμενο χρηματικό ποσό. Η πράξη εκκαθάρισης μονογράφεται από τα υπηρεσιακά όργανα που συμπράττουν στον έλεγχο των δικαιολογητικών, υπογράφεται δε από τον προϊστάμενο του οικείου τμήματος που εκκαθαρίζει τη δαπάνη,
δ) επί ενιαίας εκκαθάρισης περισσότερων απαιτήσεων ενός ή περισσότερων δικαιούχων επισυνάπτεται στα δικαιολογητικά και συγκεντρωτική κατάσταση των επιμέρους ποσών. Στην κατάσταση αυτή συντάσσεται η προβλεπόμενη πράξη εκκαθάρισης της δαπάνης,
ε) τα δικαιολογητικά των δαπανών πρέπει να είναι πρωτότυπα και χωρίς αλλοιώσεις. Σε περίπτωση διόρθωσης επί της πράξεως εκκαθάρισης της δαπάνης, οι διορθωτέοι αριθμοί ή οι διορθωτέες λέξεις διαγράφονται με μία μόνη ερυθρά γραμμή, η δε αναγραφή του ορθού γίνεται με παραπομπή ή με παρεγγραφή. Οι διορθώσεις αυτές μονογράφονται από τον υπάλληλο που εκκαθαρίζει τη δαπάνη,
3. Χρηματικό ένταλμα πληρωμής:
α) οι εκκαθαριζόμενες από το οικείο Τμήμα δαπάνες πληρώνονται, βάσει χρηματικών ενταλμάτων (ΧΕ) σε βάρος της οικείας πίστωσης του προϋπολογισμού και πάντοτε εντός των προβλέψεων αυτού και των εκάστοτε υπολοίπων του λογαριασμού ταμειακής διαχείρισης του Ν.Π.Ι.Δ.,
β) στα εν λόγω ΧΕ αναγράφονται:
αα) ο αύξων αριθμός του εντάλματος,
ββ) το οικονομικό έτος,
γγ) ο τίτλος του Ν.Π.Ι.Δ.,
δδ) ο κωδικός αριθμός του εξόδου στον οποίο καταλογίζεται η δαπάνη,
εε) ο αύξων αριθμός της απόφασης ανάληψης υποχρέωσης για την εκτέλεση της δαπάνης,
στστ) το πληρωτέο ποσό ολογράφως και αριθμητικώς,
ζζ) το ονοματεπώνυμο του δικαιούχου, ο Αριθμός Φορολογικού Μητρώου αυτού και κάθε άλλο στοιχείο προσδιοριστικό της ταυτότητάς του, προκειμένου δε περί νομικού προσώπου, ο ακριβής τίτλος και η έδρα του,
ηη) πλήρης αιτιολογία της πληρωμής και ο αριθμός του τιμολογίου ή ισοδύναμου εγγράφου,
θθ) το καθαρό πληρωτέο στον δικαιούχο ποσό και οι τυχόν υπέρ του δημοσίου και τρίτων κρατήσεις.
ιι) ο τόπος και ο χρόνος έκδοσης και
ιαια) ο τίτλος της θέσεως και το ονοματεπώνυμο των αρμόδιων οργάνων που υπογράφουν.
γ) στα χρηματικά εντάλματα προπληρωμής, εκτός από τα ανωτέρω στοιχεία, αναγράφεται και η προθεσμία απόδοσης λογαριασμού,
δ) στα τιμολόγια ή αποδείξεις των πιστωτών της Αρχής, επί των οποίων στηρίζεται η έκδοση του ΧΕ, σημειώνεται με ειδική σφραγίδα ο αριθμός αυτού,
ε) τα ΧΕ συντάσσονται σε τρία αντίτυπα. Από αυτά το πρώτο φέρει την ένδειξη «ΠΡΩΤΟΤΥΠΟ», το δεύτερο «ΑΝΤΙΓΡΑΦΟ» και το τρίτο «ΣΤΕΛΕΧΟΣ». Στο αντίγραφο και το στέλεχος του ΧΕ, υπό την ένδειξη «συνημμένο», σημειώνονται περιληπτικά τα δικαιολογητικά που στηρίζουν την έκδοσή του,
στ) στα ΧΕ δεν επιτρέπονται προσθήκες, αλλοιώσεις, διαγραφές και παρεγγραφές,
ζ) επί κοινών και ομοειδών απαιτήσεων περισσότερων δικαιούχων και μόνο για δαπάνες που εξοφλούνται μέσω Τράπεζας επιτρέπεται η έκδοση ενός μόνο ΧΕ. Στην περίπτωση αυτή, στο πρωτότυπο του εντάλματος και στο αντίγραφό του επισυνάπτεται ονομαστική κατάσταση των δικαιούχων, που περιλαμβάνει σε ιδιαίτερες στήλες όλα τα προσδιοριστικά της ταυτότητας κάθε δικαιούχου στοιχεία, την αιτία της πληρωμής, το ποσό της απαίτησης, τις τυχόν αναλογούσες σ’ αυτούς κρατήσεις υπέρ του δημοσίου και τρίτων, το μετά την αφαίρεση των κρατήσεων απομένον ποσό και τα αθροίσματα των ποσών κάθε στήλης. Στην κατάσταση αυτή συντάσσεται η πράξη εκκαθάρισης,
η) επιτρέπεται η έκδοση ΧΕ βάσει δικαιολογητικών συνημμένων σε άλλο ΧΕ. Στην περίπτωση αυτή, επί του αντιγράφου και του στελέχους αυτού, γίνεται σημείωση παραπομπής στο ΧΕ, στο οποίο έχουν επισυναφθεί τα δικαιολογητικά,
θ) τα ΧΕ μονογράφονται και υπογράφονται από τα αρμόδια όργανα. Έπειτα αριθμούνται κατά σειρά καταχώρησης στο ημερολόγιο χρηματικών ενταλμάτων και καταχωρούνται στα οικεία βιβλία.
4. Τρόπος πληρωμής των δαπανών:
α) όλες οι δαπάνες του Ν.Π.Ι.Δ. πληρώνονται με εντολές πληρωμής ή επιταγές και σε βάρος του τηρούμενου τραπεζικού λογαριασμού. Η πληρωμή των οφειλών γίνεται με εντολή μεταφοράς σε πίστωση λογαριασμού των δικαιούχων που τηρούνται σε πιστωτικό ίδρυμα ή τράπεζα,
β) οι επιταγές και οι εντολές μεταφοράς υπογράφονται από τον Πρόεδρο του Διοικητικού Συμβούλιου ή τον νόμιμο αναπληρωτή του ή τον Αντιπρόεδρο που ορίζεται με απόφαση του Δ.Σ., τηρουμένων κάθε φορά των ισχυουσών διατάξεων περί ασυμβιβάστων καθηκόντων.
5. Εξόφληση Χρηματικών Ενταλμάτων:
α) μετά την έκδοση του ΧΕ και εφόσον συγκεντρωθούν τα απαιτούμενα για την εξόφληση του τίτλου πληρωμής δικαιολογητικά, δίνεται από το οικείο Τμήμα εντολή μεταφοράς προς την Τράπεζα, στην οποία τηρείται ο λογαριασμός του Ν.Π.Ι.Δ., με πίστωση του δηλωθέντος τραπεζικού λογαριασμού του δικαιούχου και χρέωση του τηρούμενου λογαριασμού της Ν.Π.Ι.Δ.,
β) επί του εξοφλούμενου τίτλου αναγράφεται ότι αυτός εξοφλήθηκε με εντολή μεταφοράς, σημειώνεται ο αύξων αριθμός και η ημερομηνία της, καθώς και ο αριθμός της σχετικής απόδειξης της τράπεζας για την εκτέλεση της εντολής μεταφοράς,
γ) όταν οι πληρωμές ενεργούνται με εντολές μεταφοράς, δεν απαιτείται η προσκόμιση δικαιολογητικών νομιμοποίησης ούτε εξοφλητική απόδειξη του δικαιούχου. Η απόδειξη εκτέλεσης της εντολής μεταφοράς ή χρέωσης του λογαριασμού του Ν.Π.Ι.Δ. με πίστωση του δικαιούχου αποτελεί στην εν λόγω περίπτωση δικαιολογητικό της γενόμενης πληρωμής,
δ) οι επί των ΧΕ αναγραφόμενες κρατήσεις πληρώνονται με επιταγές ή εντολές μεταφοράς, σύμφωνα με τις κείμενες διατάξεις,
ε) ο έλεγχος προς διαπίστωση της συμφωνίας αντιγράφων των λογαριασμών προς τις αντίστοιχες εγγραφές στο βιβλίο Ημερολογίου και στο βιβλίο Επιταγών και Εντολών Μεταφοράς ενεργείται από υπάλληλο του Ν.Π.Ι.Δ., οριζόμενο κάθε φορά από τον Πρόεδρο του Δ.Σ.,
στ) τα ΧΕ που παραμένουν ανεξόφλητα εν όλω ή εν μέρει μέχρι της λήξεως του οικονομικού έτους, ακυρώνονται για το ποσό που παραμένουν ανεξόφλητα, οι δε υποχρεώσεις, στις οποίες αυτά αναφέρονται, μεταφέρονται ως έξοδα του επόμενου οικονομικού έτους. Η ακύρωση ενεργείται με πράξη του Προέδρου του Δ.Σ., πάνω στο πρωτότυπο του χρηματικού εντάλματος και καταχωρείται με ερυθρά γραφή στα οικεία βιβλία,
ζ) το οικείο Τμήμα στην περίπτωση που ο δικαιούχος λήπτης (φυσικό ή νομικό πρόσωπο) έχει την έδρα του στην αλλοδαπή, η πληρωμή της δαπάνης γίνεται κατόπιν έκδοσης εντολής πληρωμής στο τραπεζικό ίδρυμα που διατηρεί λογαριασμό το Ν.Π.Ι.Δ. σύμφωνα με τις εκάστοτε διατάξεις που ισχύουν για τις διατραπεζικές μεταφορές ποσών στο εξωτερικό.