1. Τα πειθαρχικά παραπτώματα παραγράφονται μετά πέντε (5) έτη από την ημέρα που διαπράχτηκαν. Τα πειθαρχικά παραπτώματα των περιπτώσεων α΄, β΄, ια΄, ιγ,΄ ιδ΄ , ιζ΄, ιστ΄, κ΄, κα΄, κβ΄, κγ΄, κε και κστ΄ της παραγράφου 2 του άρθρου 40 παραγράφονται μετά επτά (7) έτη. Κατ’ εξαίρεση για το πειθαρχικό παράπτωμα της περίπτωσης α΄ της παραγράφου 2 του άρθρου 41, η παραγραφή αρχίζει από την ημερομηνία που ο αρμόδιος πειθαρχικώς προϊστάμενος έλαβε γνώση της τέλεσης της πράξης.
2. Πειθαρχικό παράπτωμα το οποίο αποτελεί και ποινικό αδίκημα δεν παραγράφεται πριν παραγραφεί το ποινικό αδίκημα. Για τα παραπτώματα αυτά οι πράξεις της ποινικής διαδικασίας διακόπτουν την παραγραφή του πειθαρχικού παραπτώματος.
3. Η κλήση σε απολογία ή η παραπομπή στο πειθαρχικό συμβούλιο διακόπτουν την παραγραφή. Στις περιπτώσεις αυτές ο συνολικός χρόνος παραγραφής ως την έκδοση της πρωτοβάθμιας πειθαρχικής απόφασης δεν μπορεί να υπερβεί τα επτά (7) έτη και προκειμένου για τα παραπτώματα των περιπτώσεων α΄, β΄, ια΄, ιγ,΄ ιδ΄ , ιζ΄, ιστ΄, κ΄, κα΄, κβ΄, κγ΄, κε και κστ΄ της παραγράφου 2 του άρθρου 40, τα δέκα (10) έτη.
4. Η παραγραφή του πειθαρχικού παραπτώματος διακόπτεται επίσης από την τέλεση νέου πειθαρχικού παραπτώματος, το οποίο αποσκοπεί στην απόκρυψη ή την παρεμπόδιση της πειθαρχικής δίωξης του πρώτου. Στην περίπτωση αυτή το πρώτο παράπτωμα παραγράφεται όταν παραγραφεί το δεύτερο, εφόσον η παραγραφή του δεύτερου συντελείται σε χρόνο μεταγενέστερο της παραγραφής του πρώτου.
5. Δεν παραγράφεται το πειθαρχικό παράπτωμα για το οποίο εκδόθηκε πειθαρχική απόφαση που επιβάλλει πειθαρχική ποινή σε πρώτο βαθμό.
6. Όταν η παραγραφή διακόπτεται, ο χρόνος της παραγραφής αρχίζει να μετρά εξαρχής.
7. Πειθαρχικό παράπτωμα που έχει παραγραφεί μπορεί να ληφθεί υπόψη κατά την επιμέτρηση της ποινής άλλου πειθαρχικού παραπτώματος, το οποίο διαπράχθηκε πριν συμπληρωθεί ο χρόνος παραγραφής του πρώτου.
8. Οι πειθαρχικές ποινές που έχουν επιβληθεί διαγράφονται και όλα τα σχετικά στοιχεία αποσύρονται από το προσωπικό μητρώο του υπαλλήλου και δεν λαμβάνονται υπόψη για το υπότροπο του υπαλλήλου ως έξης:
α) Η ποινή της έγγραφης επίπληξης μετά από δύο (2) έτη,
β) Η ποινή του προστίμου μέχρι αποδοχών ενός μηνός μετά από τρία (3) έτη,
γ) οι λοιπές ποινές, εκτός από τις ποινές της οριστικής και προσωρινής παύσης, μετά δέκα (10) έτη, εφόσον κατά το αντίστοιχο χρονικό διάστημα ο υπάλληλος δεν τιμωρήθηκε με άλλη ποινή. Ο χρόνος της διαγραφής υπολογίζεται από την εκτέλεση της πειθαρχικής ποινής
10. Ποινή δεν διαγράφεται, αν πριν συμπληρωθεί ο χρόνος διαγραφής της ο υπάλληλος τιμωρηθεί με οποιαδήποτε ποινή.
11. Οι ποινές που διαγράφονται δεν αποτελούν στοιχεία κρίσης του υπαλλήλου.