1. Της Διεύθυνσης προΐστανται υπάλληλοι εκπαιδευτικής βαθμίδας ΠΕ και όλων των Τμημάτων του Ν.Π.Ι.Δ. προΐστανται υπάλληλοι εκπαιδευτικής βαθμίδας ΠΕ ή ΤΕ, οι οποίοι διαθέτουν τα τυπικά και ουσιαστικά προσόντα για να ανταποκριθούν στις απαιτήσεις της θέσης στην οποία τοποθετούνται. Για την θέση ευθύνης στο Τμήμα Θρησκευτικών Υποθέσεων προηγείται υπάλληλος κάτοχος πτυχίου Εισαγωγικής Κατεύθυνσης Μουσουλμανικών Σπουδών του Τμήματος Θεολογίας της Θεολογικής Σχολής του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης.
2. Στη διαδικασία επιλογής υπαλλήλων σε θέσεις ευθύνης έχουν δικαίωμα συμμετοχής και οι υπηρετούντες μόνιμοι διοικητικοί υπάλληλοι ή οι υπηρετούντες υπάλληλοι ιδιωτικού δικαίου αορίστου χρόνου στη Γενική και στις Ειδικές Γραμματείες του Υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων.
3. Η θητεία σε θέσεις ευθύνης είναι τριετής και μπορεί να ανανεώνεται με απόφαση του Δ.Σ. του Ν.Π.Ι.Δ.
4. Η επιλογή και η τοποθέτηση σε θέσεις ευθύνης γίνεται με την ακόλουθη διαδικασία:
α) το Διοικητικό Συμβούλιο τέσσερεις (4) μήνες πριν από τη λήξη της θητείας των υπαλλήλων που κατέχουν θέσεις ευθύνης με απόφαση του καθορίζει τα προσόντα, τους όρους, το τρόπο και τη διαδικασία αξιολόγησης και επιλογής των υπαλλήλων σε θέσεις ευθύνης,
β) το οικείο Τμήμα τρεις (3) μήνες πριν από τη λήξη της θητείας των υπαλλήλων που κατέχουν θέσεις ευθύνης προκηρύσσει τις θέσεις προς πλήρωση, σύμφωνα με την την περίπτ. α΄ και καλεί τους υπαλλήλους του Ν.Π.Ι.Δ. που έχουν τα τυπικά προσόντα και επιθυμούν να κριθούν, να υποβάλλουν αίτηση μέσα σε αποκλειστική προθεσμία δεκαπέντε (15) ημερολογιακών ημερών. Η προκήρυξη αποστέλλεται και στην οικεία Δ/νση του Υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων, η οποία με ευθύνη της ενημερώνει του υπάλληλους του Υπουργείου. Η προκήρυξη υπογράφεται από τον Πρόεδρο του Δ.Σ.,
γ) το οικείο Τμήμα καταρτίζει πίνακες με τους υποψηφίους, σύμφωνα με τα οριζόμενα στην περίπτ α΄ και εν συνεχεία διαβιβάζει, εντός δεκαπέντε (15) ημερών τους πίνακες με τους ατομικούς φακέλους των υποψηφίων στο Διοικητικό Συμβούλιο,
δ) το Διοικητικό Συμβούλιο, σύμφωνα με τα οριζόμενα στην περίπτ. α΄, εντός του μηνός από την παραλαβή των σχετικών πινάκων αποφασίζει για την επιλογή των υπαλλήλων σε θέσεις ευθύνης.
5. Για την αξιολόγηση των υποψηφίων λαμβάνονται υπόψη τα παρακάτω ενδεικτικά αναφερόμενα κριτήρια :
α) τίτλοι σπουδών,
β) προϋπηρεσία,
γ) προϋπηρεσία σε θέση ευθύνης,
δ) γνώση ξένων γλωσσών,
ε) ετήσια έκθεση αξιολόγησης,
στ) επαγγελματική εμπειρία,
ζ) ικανότητες διοίκησης και ανάπτυξης ανθρώπινου δυναμικού,
η) ικανότητες σχεδιασμού, οργάνωσης, προγραμματισμού και ελέγχου,
θ) προσωπικότητα,
ι) προσαρμοστικότητα – ευελιξία.
Τα κριτήρια των περιπτ. ζ΄ έως ι΄ διαπιστώνονται κατόπιν ειδικής συνέντευξης ενώπιον τριμελούς επιτροπής, η οποία συστήνεται από μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου και συγκροτείται με απόφασή του.
6. Οι αποφάσεις του Δ.Σ., πρέπει να είναι πλήρως και ειδικώς αιτιολογημένες.
7. Οι υπάλληλοι που επιλέγονται σε θέσεις ευθύνης ορίζονται και τοποθετούνται με απόφαση του Δ.Σ. του Ν.Π.Ι.Δ.. Με απόφαση του Δ.Σ. μπορεί να ορίζονται και αναπληρωτές, σε όσες περιπτώσεις αυτό κρίνεται απαραίτητο.
8. Οι τοποθετούμενοι εξακολουθούν να ασκούν τα καθήκοντά τους στις θέσεις ευθύνης και μετά τη λήξη της θητείας τους, μέχρι την τοποθέτηση νέων.
9. Οι μόνιμοι διοικητικοί υπάλληλοι ή οι υπάλληλοι ιδιωτικού δικαίου αορίστου χρόνου που υπηρετούν στις Γενικές/Διοικητική και στις Τομεακές Γραμματείες του Υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων και έχουν επιλεγεί ή επιλέγονται σε θέσεις ευθύνης στις υπηρεσίες του Ν.Π.Ι.Δ., με την τοποθέτησή τους, αποσπώνται αυτοδίκαια σε αυτό. Μετά τη λήξη ή τη διακοπή της θητείας τους, επανέρχονται στο Υπουργείο και στη θέση που κατείχαν. Για όσο διάστημα είναι αυτοδικαίως αποσπασμένοι, η θέση τους στο φορέα όπου υπηρετούσαν, εφόσον ήταν προϊστάμενοι οποιουδήποτε επιπέδου, καλύπτεται με τη διαδικασία του άρθρου 87 του ν. 3528/2007 (Α΄26) όπως κάθε φορά ισχύει. Ο χρόνος της θητείας τους ως προϊσταμένων θεωρείται ότι έχει διανυθεί στην οργανική θέση τους ως Προϊστάμενοι Διεύθυνσης και συνεκτιμάται ως προσόν για την υπηρεσιακή εξέλιξή τους.
10. Κατά την πρώτη εφαρμογή του παρόντος, οι θέσεις ευθύνης μπορεί να καλύπτονται από μόνιμους διοικητικούς υπάλληλους ή υπάλληλους ιδιωτικού δικαίου αορίστου χρόνου που:
α) υπηρετούν στις Γενικές και στις Ειδικές Γραμματείες του Υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων ή,
β) είναι αποσπασμένοι στο Ν.Π.Ι.Δ.