1. Οι Προϊστάμενοι των Τμημάτων του Ν.Π.Ι.Δ προΐστανται των Τμημάτων τους και μεριμνούν για την εύρυθμη λειτουργία τους εξειδικεύοντας τους στόχους και τον προγραμματισμό της δράσης τους. Ως αρμοδιότητες ειδικότερα ορίζονται το σύνολο των αρμοδιοτήτων των επιμέρους Τμημάτων του Ν.Π.Ι.Δ..
2. Ο κάθε Προϊστάμενος Τμήματος ειδικότερα ασκεί τις ακόλουθες αρμοδιότητες:
α) αναθέτει στο διαθέσιμο προσωπικό τις αναφερόμενες στο παρόν Οργανισμό αρμοδιότητες του Τμήματος,
β) υπογράφει τα πάσης φύσεως εξερχόμενα έγγραφα της αρμοδιότητάς του,
γ) ασκεί ακόμη όσες αρμοδιότητες του ανατίθενται ή του εκχωρούνται από τον Διευθυντή,
δ) εισηγείται για θέματα τις αρμοδιότητάς του στο Διευθυντή,
ε) ενημερώνει τον Διευθυντή για κάθε ζήτημα που προκύπτει από την άσκηση των αρμοδιοτήτων του Τμήματος,
στ) παρακολουθεί, ελέγχει, εποπτεύει και αξιολογεί το πάσης φύσεως προσωπικό που εργάζεται στο Τμήμα,
ζ) αξιολογεί το προσωπικό του τμήματος σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία,
η) εισηγείται στο Διευθυντή για ζητήματα σύστασης, τροποποίησης και κατάργησης θέσεων εργασίας και των σχετικών Περιγραμμάτων Θέσεων Εργασίας (ΠΘΕ) του Τμήματος.