Το Ν.Π.Ι.Δ. με την επωνυμία «Διοικούσα Επιτροπή Ισλαμικού Τεμένους Αθηνών» διαρθρώνεται, σε μια (1) Διεύθυνση, την Διεύθυνση Διοικητικής και Οικονομικής Διαχείρισης, στην οποία υπάγονται τα έξης Τμήματα:
α) Τμήμα Θρησκευτικών Υποθέσεων.
β) Τμήμα Διοικητικού και Γραμματειακής Υποστήριξης Διοικητικού Συμβουλίου.
γ) Τμήμα Οικονομικής Διαχείρισης και Προμηθειών.