1. Η λειτουργία του Ν.Π.Ι.Δ. «Διοικούσα Επιτροπή Ισλαμικού Τεμένους Αθηνών» υπόκειται στις παρακάτω αρχές:
α) Αρχή της μη διάκρισης: Απαγορεύεται να γίνονται διακρίσεις σε βάρος μουσουλμάνων που διαβιούν στην Αττική και ασκούν τα θρησκευτικά τους καθήκοντα στο Τέμενος ή επισκεπτών του Τεμένους ή τρίτων σε σχέση με τους υπόλοιπους της ίδιας κατηγορίας με αυτούς, λόγω ηλικίας, φύλου, φυλής, θρησκεύματος κλπ.
β) Αρχή της διαφάνειας: Οι λειτουργικές, διαχειριστικές και οικονομικές διαδικασίες είναι διαφανείς και λαμβάνουν χώρα πάντα μέσα στο πλαίσιο των νομικών ρυθμίσεων της Πολιτείας, των κανονιστικών ρυθμίσεων για την εποπτεία του Τεμένους και του παρόντος Οργανισμού του Ν.Π.Ι.Δ..
γ) Αρχή της προστασίας της βιωσιμότητας: Οι λειτουργίες, η διαχείριση και οι διαδικασίες αποσκοπούν στη βιωσιμότητα του Ν.Π.Ι.Δ..
δ) Αρχή της εχεμύθειας: Οι διαδικασίες πρέπει να προστατεύουν τα ευαίσθητα προσωπικά δεδομένα των μουσουλμάνων που διαβιούν στην Αττική και ασκούν τα θρησκευτικά τους καθήκοντα στο Τέμενος ή των επισκεπτών του Τεμένους.
2. Το Ν.Π.Ι.Δ. διαθέτει διοικητική αυτοτέλεια. Κάθε ζήτημα που άπτεται της υλοποίησης των σκοπών του, της άσκησης των αρμοδιοτήτων του και της εσωτερικής οργάνωσης και λειτουργίας του ανήκει στην αρμοδιότητα των οργάνων του.
3. Το Ν.Π.Ι.Δ. διαθέτει οικονομική αυτοτέλεια. Η διαχείριση της περιουσίας του, αλλά και των χρηματικών κεφαλαίων ή άλλων μέσων που διατίθενται σε αυτό, ανήκει στην αρμοδιότητα των οργάνων του, τα οποία αποφασίζουν σύμφωνα με τον παρόντα Οργανισμό.