Η διοίκηση του Ν.Π.Ι.Δ. «Διοικούσα Επιτροπή Ισλαμικού Τεμένους Αθηνών» πραγματοποιείται από το Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.), το οποίο αποτελείται από επτά (7) μέλη και διορίζεται με απόφαση του Υπουργού Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων, με τριετή θητεία, με δυνατότητα ανανέωσης αυτής για μία ακόμη θητεία, σύμφωνα με τις διατάξεις του άρθρου 5 του ν. 3512/2006 (Α΄ 264), όπως τροποποιήθηκε και ισχύει. Με την ίδια απόφαση ορίζεται ο Πρόεδρος και ο Αντιπρόεδρος του Δ.Σ..