Τα καθήκοντα των προϊσταμένων Τμημάτων της Διεύθυνσης Υποθέσεων Δικαιοδοσίας Μουφτή είναι:
α) η λειτουργική διασύνδεση των ασκούμενων αρμοδιοτήτων με τους επιχειρησιακούς στόχους της υπερκείμενης Διεύθυνσης,
β) η συγκέντρωση, επεξεργασία, σύνθεση και παρουσίαση των απαραίτητων δεδομένων για την υποστήριξη της διαδικασίας λήψης αποφάσεων,
γ) η ορθολογική κατανομή του αντικειμένου και των εισερχομένων εγγράφων στους υπαλλήλους του Τμήματος,
δ) η εφαρμογή και η παρακολούθηση της θεσπισμένης στοχοθεσίας σε ατομικό επίπεδο,
ε) η ανάληψη πρωτοβουλιών για τη βελτίωση της αποδοτικότητας των υπαλλήλων,
στ) η ανάληψη πρωτοβουλιών για τη βελτίωση της λειτουργίας του Τμήματος,
ζ) η τήρηση των προβλεπόμενων προθεσμιών.