1. Όργανα διοίκησης του Παλλημνιακού Ταμείου είναι η Παλλημνιακή Επιτροπή και ο Πρόεδρος.
2. Η Παλλημνιακή Επιτροπή συγκροτείται με απόφαση του Υπουργού Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων και αποτελείται από τα εξής μέλη:
α) τρία (3) μέλη, με ειδίκευση ή εμπειρία σχετική με το σκοπό του Ταμείου, τα οποία ορίζονται με τους αναπληρωτές τους από τον Υπουργό Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων,
β) ένα (1) μέλος, το οποίο υποδεικνύεται με τον αναπληρωτή του από το Δήμο Λήμνου,
γ) ένα (1) μέλος, το οποίο υποδεικνύεται με τον αναπληρωτή του από την Περιφέρεια Βορείου Αιγαίου.
δ) ένα (1) μέλος Διδακτικού – Ερευνητικού Προσωπικού (Δ.Ε.Π.) του Τμήματος Επιστήμης Τροφίμων και Διατροφής του Πανεπιστημίου Αιγαίου, το οποίο υποδεικνύεται με τον αναπληρωτή του από τη Συνέλευση του Τμήματος, και
ε) ένα (1) μέλος, το οποίο υποδεικνύεται με τον αναπληρωτή του από το Πολιτιστικό Σωματείο μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα με την επωνυμία «Σύλλογος Φίλων της Παλιάς Μητρόπολης».
2. Με την απόφαση της συγκρότησης της Παλλημνιακής Επιτροπής ορίζεται ένα από τα μέλη της περίπτ. α΄ της παρ. 2 ως Πρόεδρος. Ο Πρόεδρος συγκαλεί τις συνεδριάσεις της Παλλημνιακής Επιτροπής και προεδρεύει σε αυτές, καταρτίζει την ημερήσια διάταξη, υπογράφει τα πρακτικά και κάθε αλληλογραφία ή έγγραφα, μεριμνά για τη διεκπεραίωση των αποφάσεων της Επιτροπής και προΐσταται των οργανικών μονάδων και του προσωπικού του Ταμείου, το οποίο και εκπροσωπεί δικαστικώς και εξωδίκως. Η Παλλημνιακή Επιτροπή είναι αρμόδια για κάθε άλλο θέμα που αφορά τη διοίκηση του Ταμείου.
4. Η θητεία των μελών και του γραμματέα της Παλλημνιακής Επιτροπής είναι τετραετής και παρατείνεται από τη λήξη της αυτοδικαίως, μέχρι τη συγκρότηση της νέας Επιτροπής, όχι όμως πέρα από ένα εξάμηνο. Σε περίπτωση αντικατάστασης μέλους κατά τη διάρκεια της θητείας του, το νέο μέλος ορίζεται για το υπόλοιπο της θητείας του προκατόχου του.
4. Δεν μπορεί να οριστεί μέλος της Παλλημνιακής Επιτροπής όποιος έχει κώλυμα διορισμού δημοσίου υπαλλήλου, σύμφωνα με την παρ. 1 του άρθρου 8 του Υπαλληλικού Κώδικα (ν. 3528/2007, Α΄ 26). Από την ιδιότητα του μέλους της Παλλημνιακής Επιτροπής εκπίπτει εκείνος στο πρόσωπο του οποίου συντρέχουν οι προϋποθέσεις έκπτωσης δημοσίου υπαλλήλου, σύμφωνα με το άρθρο 149 του ίδιου Κώδικα.
5. Στις συνεδριάσεις της Παλλημνιακής Επιτροπής μπορεί να καλούνται και να παρίστανται, για την παροχή διευκρινίσεων χωρίς δικαίωμα ψήφου, οι προϊστάμενοι των οργανικών μονάδων καθώς και μέλη του προσωπικού του Ταμείου.