Ο σκοπός του Παλλημνιακού Ταμείου είναι κοινωφελής και, ειδικότερα, συνίσταται στη στήριξη πρωτοβουλιών τοπικών νησιωτικών κοινοτήτων σε θέματα πολιτισμού, την ενίσχυση του έργου των εκπαιδευτικών φορέων και ιδρυμάτων της Λήμνου και την εν γένει προώθηση της βιο-οικονομίας και καινοτομίας στον αγροτικό τομέα, καθώς και τη διατήρηση και ανάδειξη των τοπικών προϊόντων και των στοιχείων πολιτιστικής κληρονομιάς του αγροτικού χώρου.