1. Η ΕΘ.Α.Α.Ε. προβαίνει σε εσωτερική αξιολόγηση της λειτουργίας και του έργου της, σύμφωνα με τις διατάξεις του Οργανισμού της, και αναθέτει την εξωτερική αξιολόγησή της σε έγκυρους και διεθνώς αναγνωρισμένους αξιολογητές, οργανισμούς ή φορείς αξιολόγησης οι οποίοι είναι ενταγμένοι στο Ευρωπαϊκό Μητρώο Σωμάτων Διασφάλισης Ποιότητας και πληρούν τα Ευρωπαϊκά Πρότυπα και Κατευθυντήριες Γραμμές για τη Διασφάλιση της Ποιότητας. Οι εκθέσεις της εσωτερικής και της εξωτερικής αξιολόγησής της Αρχής υποβάλλονται στο Ανώτατο Συμβούλιο, το οποίο τις κοινοποιεί στον Υπουργό Παιδείας και Θρησκευμάτων και στη Διαρκή Επιτροπή Μορφωτικών Υποθέσεων της Βουλής των Ελλήνων. Οι εκθέσεις εσωτερικής και εξωτερικής αξιολόγησης και οι εκθέσεις πιστοποίησης λαμβάνονται υπόψη στην κατάρτιση του τετραετούς προγραμματισμού και της αντίστοιχης προγραμματικής συμφωνίας. Σε περίπτωση θετικής υπό όρους απόφασης πιστοποίησης της ΕΘ.Α.Α.Ε. ή απόφασης μη πιστοποίησης, με πρωτοβουλία του Προέδρου της ΕΘ.Α.Α.Ε. σχεδιάζονται και υλοποιούνται βελτιωτικές ενέργειες προκειμένου να επιτευχθεί συμμόρφωση στα κριτήρια που δεν ικανοποιούνται.
2. Οι πιστώσεις για τη λειτουργία της ΕΘ.Α.Α.Ε. εγγράφονται υπό ίδιο φορέα στον προϋπολογισμό του Υπουργείου Παιδείας και Θρησκευμάτων. Τον προϋπολογισμό εισηγείται στον Υπουργό Οικονομικών ο Πρόεδρος της ΕΘ.Α.Α.Ε.
3. Η ΕΘ.Α.Α.Ε. συνάπτει συμφωνίες προγραμματικού σχεδιασμού με τον Υπουργό Παιδείας και Θρησκευμάτων για τις δραστηριότητες και τους στόχους της. Επίσης, η ΕΘ.Α.Α.Ε. συντάσσει και υποβάλλει στον Υπουργό Παιδείας και Θρησκευμάτων ετήσιες εκθέσεις πεπραγμένων και απολογισμού.