Η αξιολόγηση και πιστοποίηση, όπως προβλέπεται στον παρόντα νόμο, πραγματοποιείται σε δύο στάδια:
α) εσωτερική αξιολόγηση που αφορά στην αξιολόγηση του Α.Ε.Ι. ή της ακαδημαϊκής μονάδας ή του προγράμματος σπουδών και του συστήματος εσωτερικής διασφάλισης ποιότητας από τα Α.Ε.Ι. ή τις ακαδημαϊκές τους μονάδες,
β) εξωτερική αξιολόγηση και πιστοποίηση από την Ε.Ε.Α.Π., η οποία ακολουθεί μετά την ολοκλήρωση της εσωτερικής αξιολόγησης, και λαμβάνει υπόψη την έκθεση εσωτερικής αξιολόγησης του Α.Ε.Ι. ή της ακαδημαϊκής μονάδας. Η Ε.Ε.Α.Π. συλλέγει περαιτέρω δεδομένα, ύστερα από επιτόπια επίσκεψη στα υπό αξιολόγηση Α.Ε.Ι. ή ακαδημαϊκές μονάδες και συζητήσεις με μέλη του διδακτικού και ερευνητικού προσωπικού, φοιτητές και εκπροσώπους συνεργαζόμενων φορέων. Η εξωτερική αξιολόγηση ολοκληρώνεται με τη σύνταξη της έκθεσης εξωτερικής αξιολόγησης και πιστοποίησης.
γ) Το σχέδιο της έκθεσης εξωτερικής αξιολόγησης και πιστοποίησης συντάσσεται από την Ε.Ε.Α.Π. με τη γραμματειακή και διοικητική υποστήριξη του Σ.Α.Π. και γνωστοποιείται στα υπό αξιολόγηση Α.Ε.Ι. ή ακαδημαϊκές μονάδες, που υποβάλλουν τις παρατηρήσεις τους μέσα σε προθεσμία ενός μήνα από τη γνωστοποίηση του σχεδίου σε αυτά. Αν δεν υποβληθούν παρατηρήσεις εντός της ανωτέρω προθεσμίας, το σχέδιο της έκθεσης θεωρείται ότι έχει γίνει αποδεκτό από το Α.Ε.Ι ή την ακαδημαϊκή μονάδα. Η τελική έκθεση εξωτερικής αξιολόγησης και πιστοποίησης, συνοδευόμενη από την έκθεση εσωτερικής αξιολόγησης, υποβάλλεται από την Ε.Ε.Α.Π. στο Σ.Α.Π., το οποίο διαβιβάζει την έκθεση στη ΜΟ.ΔΙ.Π. του Α.Ε.Ι. και μέσω αυτής στην οικεία ακαδημαϊκή μονάδα και μεριμνά για τη δημοσιοποίησή της. Η εξωτερική αξιολόγηση ολοκληρώνεται μέσα σε τέσσερις μήνες από την υποβολή της έκθεσης εσωτερικής αξιολόγησης στο Σ.Α.Π.