1. Η πιστοποίηση των Α.Ε.Ι., των επιμέρους ακαδημαϊκών μονάδων τους, των προγραμμάτων σπουδών και των εσωτερικών συστημάτων διασφάλισης ποιότητας, όπως προβλέπεται στις περιπτώσεις α), β) και γ) της παραγράφου 1 του προηγούμενου άρθρου, είναι διαδικασία εξωτερικής αξιολόγησης με βάση συγκεκριμένα, προκαθορισμένα, διεθνώς αποδεκτά και εκ των προτέρων δημοσιοποιημένα ποσοτικά και ποιοτικά κριτήρια και δείκτες. Σκοπός της πιστοποίησης είναι η διασφάλιση της ποιότητας της ανώτατης εκπαίδευσης και η βελτιστοποίηση της αποτελεσματικότητας και διαφάνειας της συνολικής λειτουργίας των Α.Ε.Ι.
2. Η θεματική αξιολόγηση, όπως προβλέπεται στην περίπτωση δ) της παραγράφου 1 του προηγούμενου άρθρου, συνίσταται στη συστηματική, τεκμηριωμένη και λεπτομερή αποτίμηση, ανάδειξη και καταγραφή του έργου των Α.Ε.Ι ή των ακαδημαϊκών τους μονάδων., με τη χρήση αντικειμενικών κριτηρίων, και στην κριτική ανάλυση και διαπίστωση τυχόν υφιστάμενων αδυναμιών και αποκλίσεων σε σχέση με την ακαδημαϊκή φυσιογνωμία, τους στόχους και την αποστολή τους. Οι θεματικές εκθέσεις αξιολόγησης αναρτώνται στην ιστοσελίδα της Αρχής.
3. Η Ε.Ε.Α.Π. αξιολογεί αν το Α.Ε.Ι. ή η ακαδημαϊκή μονάδα πληροί τα κριτήρια ποιότητας για την οργάνωση προγράμματος σπουδών πρώτου, δεύτερου και τρίτου κύκλου, την ποιότητα του προγράμματος σπουδών και την τήρηση του εσωτερικού συστήματος διασφάλισης της ποιότητας του ιδρύματος, με βάση τα προκαθορισμένα κριτήρια, μελετά το υλικό και τα στοιχεία που θέτει υπόψη του το Σ.Α.Π. και επισκέπτεται, όταν απαιτείται, το αντίστοιχο Α.Ε.Ι ή ακαδημαϊκή μονάδα.
Η Ε.Ε.Α.Π.:
α) αξιολογεί περισσότερα από ένα προγράμματα σπουδών, ιδίως αν η ολοκλήρωση του ενός είναι προϋπόθεση για την εισαγωγή στο άλλο,
β) αξιολογεί συναφή προγράμματα σπουδών ή τα εσωτερικά συστήματα διασφάλισης της ποιότητας διαφορετικών ιδρυμάτων,
γ) αξιολογεί τα νέα προγράμματα σπουδών πριν την έναρξη της λειτουργίας τους.
4. Στο πλαίσιο διαδικασίας πιστοποίησης της παραγράφου 1, η Ε.Ε.Α.Π. συντάσσει έκθεση πιστοποίησης, η οποία υποβάλλεται στο Σ.Α.Π., προκειμένου να εκδοθεί η απόφαση πιστοποίησης. Στο πλαίσιο της παραγράφου 2, η Ε.Ε.Α.Π. συντάσσει έκθεση αξιολόγησης με προτάσεις και συστάσεις προς το Α.Ε.Ι. ή την ακαδημαϊκή μονάδα. Η έκθεση κοινοποιείται στον Υπουργό Παιδείας και Θρησκευμάτων και αναρτάται στην ιστοσελίδα της ΕΘ.Α.Α.Ε.